ハワイ沖を哨戒中のアメリカ海軍駆逐艦が、沈没したロシア潜水艦を発見。潜水艇で生存者の救助に向かったリンチ中佐は、海底で巨大なサメと遭遇する。それは数百万年前に絶滅したと信じられていた、古代鮫“メガロドン”だった。リンチたちは脱出を図るが、潜水艇ごとメガロドンに飲み込まれてしまう。このままではメガロドンはハワイに到達、恐るべき被害が出ることは間違いない。ヤツの体内から潜水艇を救出し、モンスターを倒せるのか？兵士たちは、壮絶な戦いを挑むが……。
息子テオと二人暮らしの元警官フランク。ある夜、シッターのベッツィに家を預け帰宅した彼が見たのは、血の海となった自宅トイレの中に引きずり込まれていくベッツィの凄惨な最期だった。家にサメらしき怪物がいると主張し、テオと庭でテント生活を始めたフランクだが、地元の悪徳不動産会社は勝手に家を売ろうと画策。内見に来たカップルもまた犠牲者となってしまう。自分の家以外でも同様の事件が起きていることを知ったフランクは、怪物「ハウス・シャーク」の駆除専門家という人物を探し出す。犠牲者は数を増していく中、ハウス・シャークとフランクたちとの奇想天外な戦いが幕を開ける！
プエルトルコのパロミノス島。青い海と輝く太陽に恵まれたこの島は、絶えず観光客で溢れていた。平和な日々が続く中、突如地元警察に人間が鮫に襲われたという通報が入る。スターリング警部が現場に駆け付けると、誰も乗っていないクルーザーには、血痕とカメラだけが残されていた。そして、カメラに残された写真を見ると、そこには頭が４つある鮫が写っていた。スターリングは海洋学者のヨーに協力を仰ぎ、研究意欲を掻き立てられたヨーは元同僚のレッドと鮫を捕まえるために海へと向かう。しかし、その恐ろしさは彼女たちの想像を遥かに超えていた―。
未曽有の大洪水により、地表の９８％が海に覆われてしまった世界。僅かな生存者は、海面に村を形成し日々を生きながらえていた。しかし、暴君フィエン率いる一派が鮫を自在に操る装置を開発し、抗う者には獰猛な鮫を差し向け、その勢力を拡大していた。そんな中、ティモールとウィローが暮らす村にもフィエンの手先がやって来るが、貢ぐ資源も底を尽きており、代わりにウィローが捕らわれてしまう。ティモールはウィローを救うべく、共に戦う仲間を探しに旅に出る。一方、フィエンの要塞で捕虜となったウィローだったが、彼女には驚くべき力が宿されていた・・・。
一連のシャークネード撃退の活躍により、フィンはＮＡＴＯによるシャークネード戦略会議に召集され、妻エイプリルと息子ギルを連れてロンドンのＭＩ６本部を訪れていた。一方、対シャークネードの秘密組織を結成したノヴァは、ストーンヘンジの洞窟でかつて人類がシャークネードとの戦いに使ったといわれる秘宝「デュークワカ（鮫の神）のハーネス」を発見する。しかし、ノヴァがハーネスを持ち出した途端に巨大なシャークネードが発生。ロンドンへと向かったシャークネードは人々を襲い、ギルも鮫の渦に呑み込まれてしまう。フィンとエイプリルは、ギルを救うためにシャークネードを追跡するが・・・。
ある夜、ボートで釣りを楽しんでいた一行の竿に掛かったのは巨大なサメだった。しかし恐怖のあまりサメを撃ち殺してしまった彼らを、復讐のため蘇ったサメが襲う―！！それから数日後、人ごみで賑わうビーチが騒然とする。青白く光るサメが出現し、人々を襲ったのだ！その惨劇が去った後に現場についた地元警察は、その話を信じようとはしなかった。そこに偶然居合わせたエバと妹のシスリー、友達のブレイスは犠牲者の残したビデオカメラに光るサメの証拠をつかむ。しかし警察は彼らの証言を真に受けることはなく次々と犠牲者が増えるのだった・・・。
