太正12年春、真宮寺さくらは、帝国華撃団に入団するために、帝都へとやってきた。だが、彼女が訪ねた住所には、大帝国劇場が建っていた。戸惑いながらも、とりあえず中に入ってみたさくらは、公演中の舞台に迷いこんで、めちゃくちゃにしてしまう。
21世紀も20年近くが経ち人々が妖怪の存在を忘れた現代。科学では解明が出来ない現象が頻発、流言飛語が飛び交い大人たちは右往左往するばかり。そんな状況をなんとかしようと妖怪ポストに手紙を書いた13歳の少女・まなの前にカランコロンと下駄の音を響かせてゲゲゲの鬼太郎がやってきた…。
ルフィに大・大・大事件が発生！昨夜まであったはずの麦わら帽子が、忽然と消えてしまったのだ！！幼少時代、憧れの大海賊“赤髪のシャンクス”と約束を交わし預かった、命よりも大切な宝物。「海賊王におれはなる！」と決意した日から、どんなピンチに陥っても手放すことのなかった麦わら帽子がない、ない、ないッ！？血まなこになって探すルフィたちは、ついに麦わら帽子をくわえた大鷲を発見！一方、捜索の途中で漂流船に遭遇したウソップとチョッパー。そこで救出した老海賊・シュナイダーは、ルフィの麦わら帽子にまつわる意外なエピソードを語る･･･。空を自在に羽ばたく大鷲を追って、“偉大なる航路《グランドライン》”の危険地帯へ舵をとることになったサウザンド・サニー号！そして、向かう先で待ち構える海軍基地！！はたして“麦わらの一味”は、トレードマークの麦わら帽子を取り戻すことができるのか！？奪われたシャンクスとの絆。ルフィの冒険のきっかけとなった麦わら帽子をめぐり、誇り高き争奪戦が幕を開ける！！
