地球を守るために戦うマーズ ギシン星のズール皇帝が地球に宣戦布告。同時に、クラッシャー隊のタケルに「地球を破壊せよ」と命じる。彼は、赤ん坊のときに地球に送り込まれたズール皇帝の息子マーズだった。だが、タケルは自分を育ててくれた地球の人々を守るため、ズールと戦う決心をする。
わたしたちは、ひとりじゃない！――ある日、妖精学校からプリキュアたちのところに「プリキュアパーティー」の招待状が届いたの！みんな大喜びでパーティー会場へ向かったけど、そこにいたのはあやしい影。その影にプリキュアの変身アイテムを盗まれちゃった！ どうしょう～！プリキュに変身できないなんて大大ビンチ！！このままだと学校も妖精たちも全部影にのみこまれちゃう！！みんなを守るためプリキュア３２人が立ち上がる！いっしょに映画館でプリキュアたちを応援しょう！
世界中の絵本が集まるイベント「世界の絵本大博覧会」にやってきた５人。そこで出会った不思議な女の子・ニコちゃんに、絵本の世界へ招待された！そこは、いろんなおとぎ話がひとつになった世界。みゆきはシンデレラ、あかねは一寸法師、やよいは孫悟空、なおは浦島太郎、れいかは桃太郎に変身してウルトラハッピー！ところが、竜宮城に孫悟空がいたり、鬼ヶ島に一寸法師がいたり・・・物語が入り乱れてチグハグなことに！何とここは、ハッピーエンドもバッドエンドもない、終わりのない世界だったのだ。絵本の世界から抜け出せなくなった、みゆきたち。その時、みゆきの中にひとつの記憶が甦る。ニコちゃんって、もしかして・・・。
復讐の輪廻は断ち切れない。｢闇の剣客道｣、その“一番”となる者は世界を制するという。その世界で唯一の掟、それは“二番”だけが“一番”と闘うことが許されているということだけである。 前作にて、壮絶な闘いの後、父の仇である「闇の剣客道」の頂点に君臨するジャスティスを倒し、復讐を終えた数年後・・・。今まで斬ってきた者たちの魂を供養するために「師範の道場」に立ち戻り、仏像を彫り続け贖罪の日々を送っていたアフロ。しかし、鉢巻を廻る血の宿命は再び彼を流血のサイクルへと向かわせることとなる！死んだはずのかつての兄弟子、仁之助（クマ）、そして謎の女：シヲが、今度はアフロへの復讐を誓い“一番“のハチマキ と “父の遺骨” を奪いに現れる。「お前は個人的な復讐のために多くの命を奪った・・・今度は私たちが復讐する番よ」追う側から追われる側へ、アフロに襲い掛かる闘いの連鎖！復讐の輪廻に呑み込まれていく中、果たして彼は、自分の運命を受け入れ、かつて“復讐”以外すべての感情を捨て闘い続けた、冷血無敵なサムライとして”Ｒｅｓｕｒｒｅｃｔｉｏｎ（復活）”出来るのか？
横浜みなとみらいの街はプリキュアたちが、謎の怪物・フュージョンを倒したというニュースで、もちきり！プリキュアに憧れる女の子たちは、ポーズをマネして大ハシャギ。でも転校してきたばかりのあゆみは、ひとりぼっち。そんなあゆみは、学校の帰りに謎の生き物と出会うの。あゆみはその子をフーちゃんと名づけて、ふたりはすっかり仲良しに。でもフーちゃんは、闇の力をもつフュージョンのカケラで、友だちのいないあゆみのために、あゆみのキライなものをどんどん飲み込んで、学校や街をめちゃくちゃに！「こんなつもりじゃなかったのに…」あゆみの本当の気持ちを伝えるために、２８人のプリキュアたちが、またまた大集結！みんなの力がひとつになった時、奇跡の光が輝くよっ！！
交通事故で父親をなくした小学６年生のユウタは、夏休みに一人、父親とよくカブトムシを捕りに来た思い出の場所・山奥のダムへ昆虫採集に向かいます。そこで出会ったのは、不思議な老人でした。突然の豪雨で足をすべらせ、意識を失うユウタ。目を覚ましたユウタの前には、小さな女の子・さえ子とダムに沈んだはずの村が・・・。どうやら、３０年以上前の村にタイムスリップしてしまったらしいのです！ユウタを”いとこ”として、あたりまえのように扱うさえ子。ユウタと同い年のケンゾーも現れ、翌朝クワガタ虫を捕りにいく約束をします。その夜、再び不思議な老人が現れ・・・。ユウタにとって、かけがえのない、もう一つの夏休みがはじまります。
おもちゃの国トイトイ王国へとやってきたガンちゃんとアイちゃんは、仕事で忙しい王様が遊んでくれず、寂しい思いをしているプラモン王子と友達になる。しかし、おもちゃがいっぱいの楽しい王国の裏では、世界征服を企むパ・ズール大臣の計画が進みつつあった。
みんな元気ニャ？ハミィはとっても元気ニャ～♪「スイートプリキュア♪」が、遂に映画になるんだニャ～。楽しみニャ！これを読んでいるお友達にだけ、ちょっぴり、映画についてのお話するニャ！ニャ・ニャ・ニャンと！ある日メイジャーランドから、音楽が消えてしまうという大事件が起きるニャ！しかも、音楽を消し去ったのはアフロディテ様だという噂が広がっているニャ。一体どういうことニャ！？そんなことしたら、心の中のメロディも、はじけるリズムも、ドキドキビートも全部なくなってしまうニャ！！そんなの、絶対にだめニャ～！！音楽を取り戻すためには、みんなの力が必要ニャ！みんなの心のハーモニーをプリキュアの心に届けてニャ～！
幼馴染みの北条響と南野奏は元気いっぱいの中学２年生。オープン初日の巨大ショッピングモールへやって来たんだけど、一緒のはずの妖精ハミィがいない…。オシャレなショップが沢山あって大賑わいの中、二人はやっとハミィを発見したものの、勢いあまってイベント広場で開催中の、つぼみたちのファッションショーに乱入しちゃった！？その時、シプレやコフレの仲間のような妖精たちが空からいっぱい降ってきて、更に「おもちゃの国」のプラスティックの建物や「デザート王国」の美味しそうな巨大スイーツが次々に出現！一体全体どうなってるの？かつてプリキュアたちが戦ってきた強敵たちも蘇り、世界を結ぶ奇跡の花・プリズムフラワーを狙って、すべてを暗黒の世界にしようと結託する！もしもプリズムフラワーが枯れてしまったら、世界は離れ離れになり、二度とハミィたちと会えなくなってしまう！！こうなったら、プリキュア２１人全員のパワーをひとつにして、巨大な闇に立ち向かうしかないッ！！！
父親との間に問題を抱えた不良少年・岡崎朋也は、学校まで続く桜咲き乱れる坂道の下で一人の少女と出会う。少女の名前は古河渚。渚は朋也に言う。「どうしてもこの坂道が上れないのだ」と。「だから一緒にこの坂を上ってもらえないか」と。 坂道が上れないのなら、学校に何か楽しみを見つければ上れるようになるはずだと提案する朋也。 その言葉に触発されて、渚は廃部になった演劇部を再建しようと奮闘を始める。 そして、いつしか朋也も渚と行動を共にするようになり、やがて朋也は懸命な渚の姿に惹かれていく…。
こんにちは！私、花咲つぼみです。じつは…、えりか、いつき、ゆりさんと一緒に、花の都パリにやってきました。なんと私たち、モデルとしてファッションショーに出るんです！どうしましょう！何だか緊張してしまいます！…でもその前に、お花がいっぱいあるというオシャレなパリの街をチェック！！ところが、街にはおまわりさんがいっぱい！？フランスでは近ごろ、満月の夜に狼男が出るというウワサがあるらしいんです。そんな中、狼男ならぬ傷だらけの少年・オリヴィエが突然、空から舞い降りてきたんです。しかも、デザトリアンまで出現！！え～ッ、パリって花じゃなくて事件がいっぱいなんですか～？う～、どうしましょう～…。でも、わたし、負けません！オリヴィエを絶対に守ります！お願いです、私たちプリキュアに、みなさんのこころの花のパワーをかしてください！
私、花咲つぼみ、中学２年生です。ある朝心地よく眠っていたら、親友のえりかが部屋にやって来て「コフレがいなくなった！」っていうんです！！あれ～！シプレの姿もありません！！机の上に残された招待券を手がかりに、私たちは海の上に浮かぶ遊園地・フェアリーパークへ！そこでシプレ＆コフレを発見。周囲を見回すと、シプレたちみたいな超かわいい妖精＆アトラクションがい～っぱいッ！みんなすっごく楽しそうですッ！！でも突然、怪しげな影が現れてパーク内が大混乱に！どうしよう～ッ！！その時、プリキュアたちが続々登場！！ウソ～ッ！プリキュアってこんなにいるんですか～ッ！？？って、なになに…全部で１７人！？もう、こうなったら全員で力を合わせて、レインボージュエルを守って見せますッ！！プリキュアオールスターズ☆パワー全開ッッッ！！
ラブ、美希、祈里、せつなの４人が、楽しくパジャマパーティーで盛り上がっていたある夜、突然、町中からおもちゃが消える怪現象が起きた。ラビリンスが現れるかと思いきや、一向にその気配がない…。と、クローゼットの中からラブのぬいぐるみ・ウサピョンが現れてしゃべり出した！子供たちのおもちゃが次々と消えているのは、世界征服を企むトイマジンのしわざらしい。ラブたちはウサピョンとともに、いざ、トイマジンの住むおもちゃの国へ。たどり着いたおもちゃの国は、建物が色とりどりのブロックで出来ていたり、ブリキの自動車が走っていたりと、見ているだけでワクワクしてくるステキなところ。しかしそこには、トイマジンのしかけたワナも待ち受けていた！
今日はのぞみの誕生日。ナッツハウスでは、みんなが誕生日パーティーの準備で大忙しだ。そこに、ナッツの知り合いだというチョコラという女の子が現れる。しかもあのブンビーが、チョコラの後を追ってやって来た！のぞみたちはプリキュアに変身して、いつものようにホシイナーを倒すが、のぞみへのお祝いにみんなで作ったケーキが、ブンビーに奪われてしまう。ガッカリするのぞみ。それを見たチョコラは、のぞみたちを故郷のデザート王国に招待することにした。デザート王国は、木も山も川も、あるものすべてがお菓子でできているのだ！のぞみはもちろん、みんなも大喜びでお菓子を楽しんでいたが、ひとりチョコラだけは浮かない顔。その頃、デザート王国のお城では、ブンビーが何者かに報告を行っていた。プリキュアをおびき寄せることに成功した、と…。
わたし、夢原のぞみ。プリキュア５のリーダーとしてプリキュアとして、がんばってま～す！わたしの仲間は大親友のりんちゃんとアイドルのうらら、ステキな先輩のこまちさんとかれんさん。タイプの違う５人だけど、いつも心はひとつ。そんなわたしたちが、お姫様になりた～いってことで西洋風のテーマパークに出かけたの。豪華なお城で、フリフリのかわいいドレスを着てお姫様気分を満喫していたら、鏡の国から来たミギリンとヒダリンに、ココとナッツがさらわれちゃった！実はこの二人、シャドウっていう悪者に操られていたの。シャドウは鏡の国の大切な宝物・クリスタルを利用してドリームコレットを奪い、世界を支配しようと企んでいるみたい。早くココとナッツを助けなくちゃ！でも、わたしたちの前には、わたしたちソックリなプリキュアが現れて…これって一体どういうこと？プリキュア、大・大・大ピ～ンチ！
あたし、日向咲。今日は親友の舞と一緒に、のど自慢大会に出場する予定なの。でも、寝坊しちゃってマジやばい！何とか出場できて絶好調ナリーッって喜んでいたら、今度は舞と大ゲンカしちゃった。一気に気まずい雰囲気になって、そんな状態でステージに飛び出したから、二人とも歌詞を忘れちゃって大あわて！どうしよう…時間よ止まれ～って心の中で叫んだら、本当にそうなっちゃった！そこへ突然、アワーズとミニッツっていう２人の精霊が現れたの。後について行くと、そこは何と時計の郷。でも、時計の郷はサーロインっていう悪者にメチャクチャにされていた。サーロインは世界を自分だけのものにするために、全ての時間を司る「無限の時計」を止めちゃったんだって。みんなの時間を奪うなんて許せない！私たちプリキュアが、ゼッタイに取り戻してみせる！
あたし、美墨なぎさ。冬休みに、みんなでスキー場にやってきました！あたりは見わたす限りの白銀の世界。こんなロマンティックなシチュエーションなら、藤Ｐ先輩とも…なんて浮かれていたら、転んで尻もちをついちゃった。あたしってば、スノボーのセンスないのかも…。ほのかはスキーでステキなシュプール描いちゃってるし、アカネ先輩の出張タコカフェは大繁盛だし、ひかりは不思議な卵を見つけるし…って、卵！？しかも中から生まれたのは、とってもかわいい鳥のヒナ。雲の園の老師だっていうおじいさんと、お付きのムタさんによると、「ほうおう」っていう大事な鳥なんだって。ひかりが「ひなた」って名づけたその子、闇の世界のヤツらに狙われていたの！
うららかな日曜日、アカネさんのたこやき屋で至福の時を過ごしていたら、謎の男が現れた。男は、あたしたちの目の前で七人の妖精に分裂、こわいっつーのッ！しかも妖精たちは「希望の園を助けてほしい」と言い出した。希望の園の象徴であるダイヤモンドを、ドツクゾーンが狙っているらしいの。そういうことなら、いざ希望の園へ出発！ダイヤモンドが輝くステキな宮殿へ。そこにはダイヤモンドよりもキレイな女王様がいたの。しかも憧れの藤Ｐ先輩にソックリな王子様が現れたり、舞踏会が開かれたり…気分はまさにお姫様。メップル・ミップル・ポルンまでセレブ気分を満喫していると、突然ドツクゾーンの魔女が現れた。こんなステキな園を狙うなんて絶対に許せないッ！みんなの力をひとつに合わせ、希望の園を守るのよ！
海と空が眩しい小さな町に、神尾観鈴という少女が暮らしていた。病気がちな彼女は学校にも行けず、友達は一人もいない。ただ夏の風に長い髪をなびかせながら、遥か昔より町に伝わる物語に想いをはせる毎日を送っていた。千年前、ひとりの姫君がこの地にいた。彼女は白い羽根と不思議な力を持つゆえに忌み嫌われ、屋敷に閉じ込められていた。生まれてから一度も外の世界を見たことがなく、遠く離れた地にいるという母に会いに行くこともかなわない。そんな彼女を警護する青年は、喜ばせてあげようと外の世界の出来事を語って聞かせる。いつしか恋に落ちてゆく二人。しかし羽根を持つ“翼人”には、決して恋をしてはならないという呪いがかけられていた…。ある日、観鈴の前に国崎往人という旅の青年が現れる。彼は亡くなった母から不思議な遺言を託されていた。「空にいる少女を救って」と。羽ばたこうとした姫君と、羽ばたく翼をなくした少女。運命の夏が始まり、恋と宿命が千年の時を越えて交錯してゆく。
海賊惑星ジュエルの近くを通過しようとする星野鉄郎、メーテルの乗る９９９号は、海賊船『クィ−ンエメラルダス号』から突然の襲撃を受ける。しかしメーテルは、銀河にその名を轟かす女海賊・エメラルダスと剣を交え、友情で結ばれた仲であった……。エメラルダスに勝利したが命をとらずに逃がしたため、メーテルは牢獄に幽閉されてしまう。そんなメーテルを救うため、エメラルダスは単身牢獄に奇襲をかけるが……！？
