高校３年間だけの限定ヒットマン。イレイザーとして育てられた久我山コウは組織から抜けイレイザーの妹を持つ刑事の真田雪乃に助けられ人間の感情を取り戻す。そして、ヒーローとして訓練されているイレイザー達を組織から更生させようとするが、組織の正体がなかなか暴けない。どこが終点か分からない状況の中でも決して諦めない真田の強さにさらに心を動かされいよいよ大詰めへと向かう。仲間だと思っていた人が次々と組織の洗脳に・・・コウ達の運命は・・・
イレイザーを殺すイレイザー殺しが次々と現れ、多くのイレイザーが傷ついて行く状態に頭を悩ます刑事・真田。中でもナオトはあまりにもの強さ故、組織から抹殺されそうになった過去を持つ人物である。その際にナオトにとどめを刺したのが久我山コウであった。一体どこまでの組織が動いているのだろうか・・・全ての鍵は組織の大元にあり、闇の中をただ走り続けて行くしかないコウの運命に光が差す時は来るのだろうか・・・
幼い頃からヒーローになるべく組織から訓練を受け鍛え上げられて来た。人並み外れた身体能力を持つ高校生達はイレイザーと呼ばれていた。監視人に見張られ、交流は許されず仕事を失敗すれば消されてしまう運命。彼らは誰一人組織の正体も支配している人間すら分からない。監視人の役目、組織の目的とは！？
