サマーキャンプにいた７人は何も知らずにいた。それが誰も知らない世界への冒険のはじまりになることを……。洪水。干ばつ。真夏にふる雪……。世界中がおかしかったその年の夏。サマーキャンプに来ていた太一たち７人の少年少女は、日本では見えるはずのないオーロラから飛来した謎の機械の力によって異世界デジタルワールドに吸い込まれてしまう。謎と危険に満ちたその世界で彼らを待っていたのは、なぜか太一たちの名前を知る奇妙な生物、デジタルモンスターだった。世界を狂わせる黒い歯車。次々と襲いかかる強大な敵。戦いの中で進化するデジモンたちの火花散る熱いバトル!! はたして太一たち７人の少年少女は無事に元の世界に帰ることが出来るのだろうか？そしてデジタルワールドに隠された大いなる秘密とは……!?
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
どこにでもいるごく普通のデジモン大好き少年だったタカト。そんなタカトが見つけた青いカードは、カードリーダーを本物のデジヴァイスに変える不思議な力を秘めていた。画面に映るデジモンのタマゴ・デジタマをドキドキしながら見守るタカト。しかし次の日の朝、タカトが見たものはすでに割れてしまった空っぽのデジタマだった。それでもデジモンの誕生を信じ、生まれたはずのデジモンを自分から探しに行くタカト。そしてタカトは、空から降りてきた光の下で夢見ていた本物のデジモンに出会う！タカトの想像したとおりの姿で生まれてきたタカトだけのデジモン『ギルモン』に。「僕が、僕が考えたんだよ、君は……」ギルモンと出会えたことに素直な喜びを感じ、失敗したり落ち込んだりしながらも一生懸命ギルモンの世話を続けるタカト。好奇心いっぱいの行動でときにはまわりを驚かせながらも、無邪気にタカトを慕うギルモン。そんな２人の二人三脚の冒険は今やっと始まったばかり。はたしてこれから２人をどんな事件が待ちうけているのだろうか……！？
小学５年生の神原拓也は、弟の誕生日の日に携帯へ“未来を決めるゲーム”という謎のメールを受け取る。直感的にそのメールに何かを感じた拓也は指示通り駅に向かった。その途中、同じメールを受け取った謎の少年と共に、拓也は地下にある謎の電車へと乗り込む。電車の中には卓也のほかに、織本泉、柴山純平、氷見友樹という３人の子供たちも乗っていた。やがて電車は異世界であるデジタルワールドへと到着する。電車の正体はトレイルモンというデジモンだったのだ。到着した場所で眠っていた火のスピリットに選ばれた拓也は、火の闘士・アグニモンへと“スピリットエボリューション”する。デジモンへと進化する能力を手に入れ、伝説の十闘士の一人となった拓也。こうして泉、純平、友樹に加えて、そこで出会ったボコモンとネーモン、そして謎の少年・源輝二と共に、デジタルワールドを旅する冒険が始まる。
３度の飯よりケンカが好きな少年・大門大。ある日、大の前に、恐竜のような姿をした奇妙な生物が現れる。その奇妙な生物・アグモンは、異世界であるデジタルワールドからやって来たデジタルモンスターだった！大とアグモンは、ケンカを通じて意気投合。ところが、アグモンはデジモン事件の捜査組織・ＤＡＴＳ（ダット）から追われている、はぐれデジモンだった。追われる大とアグモンの前に、成熟期デジモン・コカトリモンが出現。コカトリモンに一撃を加えた大の拳に、デジソウルが宿る。大のデジソウルを受け取ったアグモンは、ジオグレイモンに進化してコカトリモンを倒す。その様子を見たＤＡＴＳの司令官・薩摩は、大とアグモンをＤＡＴＳにスカウト。かくして、ケンカ番長・大門大は、アグモンと共に人間界に迫る脅威に立ち向かうことになる！
世界を滅ぼそうとする凶悪デジモン・アルゴモンの強大なパワーによって、大たち人間が蔦に捕らわれ、永遠の眠りについてしまった！ゴブリモンに襲われていた謎の美少女・リズムを救出したアグモンたちは、彼女とともに大たちを救うため、アルゴモンの城へ向かう。だが、そこにはアルゴモンの手下で強大なデジモン、オーガモンとピスモンが待ち構えていた！パートナーがいない今、アグモンたちに勝機はあるのか！？大たちを、世界を、深い眠りから目覚めさせることはできるのか！？
ある日、工藤タイキは不思議なメロディを聞く。そして、今にも力尽きそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声…。「俺には、放っとけない！」タイキの心と声の主・シャウトモンの心が結ばれた時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた！ 消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは異世界へと引きずり込まれてしまう。
八神太一ら「選ばれし子どもたち」が異世界・デジタルワールドへ渡ったあの夏の冒険から６年。そして、八神ヒカリたちとベリアルヴァンデモンとの最後の戦いから３年の月日が流れようとしていた。平穏な毎日が続くなか、いつの間にか閉じてしまったデジタルワールドへのゲート。選ばれし子どもたちにもその原因は分からぬまま、時間だけが過ぎ去っていく――そんなある日、突如としてお台場の街にクワガーモンが出現。その暴走により街は破壊され、人々は大混乱に陥る。クワガーモンを偶然見かけた太一は、その暴走を止めるために単身その姿を追いかけるのだった。しかし、クワガーモンと対峙するも、どうすることも出来ない太一。「だめだ…俺一人じゃ、なにもできない…」咆哮とともにクワガーモンが太一に襲いかかったその瞬間、デジヴァイスが大きな光を放ち始めた――「太一、でっかくなったなーっ！」懐かしいあの声とともに、物語は再び大きく動き始める。
アルファモンが出現してから時は流れ、お台場の街は少しずつ復興が進んでいた。「日本に帰ったら、絶対大きいお風呂に入ろうって決めてたんだ！」ミミの一声もあり、新たに仲間に加わった望月芽心とメイクーモンを歓迎するために選ばれし子どもたちは近所の温泉テーマパークへ。楽しいひと時を過ごす一同だったが、そこに丈の姿はなかった。大学受験という目の前にある現実と、「選ばれし子ども」であるという責任の間で煩悶する丈。「なんでまた、僕達がやらなきゃならないんだ？」そんな折、またしてもお台場に感染デジモンが現れる。それはあの誇り高きウィルス種、オーガモン―暴走するその姿をTV局のヘリコプターが中継する中、立ち上がるミミとパルモン。「いいデジモンもいるってことを、はっきり分からせてあげる！」しかし、光子郎の制止を無視したミミとパルモンの戦いは、予想外の結果を招くのだった―それぞれに悩みを抱える丈とミミ。月島総合高校の文化祭当日、そんな二人の前に、あの男が現れる―
メイクーモンが突如異変を起こし、レオモンを消滅させてゆがみの向こう側へその姿を消したことで、動揺を隠せない太一たち。「メイクーモンが感染したんだとしたら、原因を探りたい。何か兆候はなかったのか？感染したのはいったいいつなのか？」想像を超えた状況に直面しながらも、何か対策を取れないかと苦闘する光子郎。しかし有効な手立てもなく、なんとか情報を得ようと芽心を問い詰めてしまう。「思い出して下さい。感染の理由を突き止めるには情報が必要です」うなだれ、何も答えることが出来ない芽心―感染を防ぐために光子郎のオフィスに隔離されていたアグモンたちだったが、パタモンに感染の兆候が見え始める…時を同じくしてアグモンたちは、ヒカリに宿った声を通してデジタルワールドに関する重大な秘密を告げられる。「時が…迫る…」そして再び姿を現したメイクーモンとの戦いの中で、その「時」は訪れるのだった。明かされた秘密に苦悩する太一たち。それぞれの想いが交錯する中、彼らはある決意をする…「いつかなんて待ってたら、あっという間に大人になっちまうよな」今、再び 冒険が進化する―
メイクーモンの暴走、そして、起きてしまったリブート。苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへと向かった。再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶をすべてなくしている。それでも再び絆を築いていこうと、手を差し出す選ばれし子どもたちと、応えるデジモンたち。ところが、ピヨモンだけが、成長期に進化してもなお警戒心をあらわにする…「だから昔のことなんて知らないってば！」自分のことよりも先に他人を思いやる空の優しさに、かえって不信感を抱いたのだ。傷つき立ちつくす空に、太一とヤマトはかける言葉を見つけられない。デジタルワールドでこの先どうすべきか―相談していた一同の前に、突如メイクーモンが姿を現し、そして消えた。なぜか元の記憶を残し、芽心を探し涙を浮かべさまよいながら―その姿を見て、子どもたちはメイクーモンを救うためにデジタルワールドを旅する決意を固める。だが、彼らの前に、ダークマスターズを従えたあの男が姿を現すのだった。その頃、現実世界の西島は、姫川が失踪したとの報せを受けていた。調査する彼は、姫川のこれまでの行動の裏に、ある目的が隠されていたことを突き止める。それは、二人の運命を決定づけた過去の出来事へとつながっていた…今、再び 冒険が進化する―
パートナーである望月芽心がゲンナイの姿をした謎の男に傷つけられるのを見て、メイクーモンは再び暴走をはじめる。「お前は生まれてきてはいけなかった…」現実世界へ消えたメイクーモンこそ、歪みそのもの。あまりに大きな力を持ち過ぎた、世界を壊す鍵―西島大吾と望月博士のもとに現れたハックモンが、真相を明らかにしていく。世界の調和を保とうとするホメオスタシス自身が、今や強大すぎる存在となったメイクーモンを危険とみなし、切り捨てようとしているのだと。暴走するメイクーモンの出現により、現実世界崩壊へのカウントダウンがはじまる。いたる所で次々と異変が発生。歪みを通して現れたデジモンたちは、その時が来るのを待ちうける―選ばれし子どもたちは、変調をきたしたデジタルワールドから疎外され、現実世界に戻ってきてからも、パートナーデジモンと共にいるがゆえに人々に追われる。一同が孤立無援となりながらも必死に打開策を探る中、ひとり思い悩み続ける芽心。あまりにも大きな荷を負い、打ちひしがれる彼女には、仲間やデジモンたちの声も届かない…そして、過酷な運命は、誰よりも真っすぐで繊細な魂を持つ八神ヒカリのもとにも迫っていた―今、再び 冒険が進化する―
世界の崩壊がはじまった。暴走するメイクーモンは、暗黒進化したテイルモンを吸収し、強大な力を持つオルディネモンに姿を変える。イグドラシルの思惑通り、現実世界がデジタルワールドに呑み込まれようとしているのだ。絶望が迫りくる中、選ばれし子どもたちは懸命に前を向く。太一のいない今、代わりになれるのはヤマトしかいない。「世界を救うために、やるべきことがある！」ガブモンはヤマトを力づけ、アグモンは信じている、太一は必ず戻ってくると。一方のホメオスタシスは、もはや手のつけられなくなったオルディネモンを処分するため、現実世界を巻き込む最終計画を実行に移そうとする。何とか破滅を食い止めようと、子どもたちとパートナーデジモンは必死の戦いを続ける。「すべての光はメイクーモンの中に…」失意に沈むヒカリに届く、テイルモンの声。そして子どもたちに、最後の決断を下す時が訪れる。選ばれし子どもたちが、自ら選んだ未来とは―？今、再び 冒険が進化する―
太一とアグモンたちが出会い、デジタルワールドを冒険した夏から10年以上が経過した2010年。太一は大学生となり、ヤマトたちもそれぞれ自身の進路を進み始めていた。そんな中、世界中の“選ばれし子どもたち”の周囲で、ある事件が起こり始める。事件の原因と思われる“エオスモン”と呼ばれるデジモンとの戦いの中で、アグモンたちの“進化”に異変が起こる――。そして太一たちは衝撃の事実を知るのだった……。変えられぬ宿命を前に、太一とアグモンの“絆”が導き出す、自分たちだけの答えとは？
西暦２０２０年。ネットワークは今や人間の生活にとってなくてはならないものとなった。だが人間は知らない。ネットワークの向こう側、無限の世界・デジタルワールドと、そこに住むデジモン達がいることを…。首都圏を中心に大規模なネットワーク障害が発生する。めちゃくちゃに明滅する信号や、文字化けした屋外ビジョン。サイバーテロだと報じるニュース。主人公は東京近郊のタワーマンションに住む小学５年生の八神太一。週末のサマーキャンプの準備をするために一人で家に残っていたが、渋谷へ出かけた母と妹のヒカリが停車出来なくなった電車に乗り込んでいた。母と妹を助けるために渋谷へと急ぐ太一だが、駅のホームに向かうその瞬間――「選ばれし子供たち」に不思議な現象が起き、太一はデジタルワールドへ！子供たちはパートナーのデジモンと出会い、未知なる“アドベンチャー”に立ち向かう！
新しいテクノロジーが発展した、ほんの少し先の未来。ＳＮＳでは「ホログラムゴースト」と呼ばれる真偽不明の怪奇現象の噂が飛び交っていた。中学１年生の天ノ河宙は、父が残した「デジヴァイス」という謎のデバイスを起動したことで、普通の人には見えない未知の生き物――「デジモン」たちの姿が見えるようになる。父から預けられたやんちゃなデジモン「ガンマモン」と出会ったその日から、宙は様々な怪奇現象に巻き込まれていく。人間の時間を盗む「口縫い男」や、夜な夜な徘徊して人間をさらう「ミイラ男」……。ホログラムゴーストは、すぐそばで私たちを狙っているのだ。ここから先は、誰も知らない世界の裏側の物語。宙はガンマモンや仲間たちとともに、デジモンたちが生きる不思議な世界に足を踏み入れていく。
人間の思考や感情から生まれる「e-パルス」は、AIサポートデバイス「サポタマ」のエネルギー源として活用されていた。目覚ましい発展を遂げるその陰で、恐るべき怪物が現れる。e-パルスを喰らい、進化する生命体「デジモン」である。天馬トモロウは、サポタマから誕生したゲッコーモンとの出会いをきっかけに、非日常へと巻き込まれていく。賞金稼ぎを生業とするチーム「グローイングドーン」の沢城キョウたちとの共同生活を送るなかで、トモロウは決意を新たにする。人間とデジモンが描く新しい未来とは――
お台場とデジタルワールドを行き来した冒険の日々から10年が過ぎた2012年。それぞれの道を歩き出しつつも、大輔たち選ばれし子どもたちとパートナーデジモンは変わらぬ絆で結ばれていた。そんなある日、突如巨大なデジタマが東京タワー上空に出現し、世界中へメッセージが発信される。「みんなにともだちを。世界中すべてのひとにデジモンを」世界がその動向を注目する中、大輔たちの前に欠けたデジヴァイスを持った青年・大和田ルイが現れる。選ばれし子ども誕生の裏側には、幼いルイのたった一つの願いが隠されていた……。過去そして現在、全てが繋がった時、デジモン史上最大の危機が訪れる。果たして大輔たち02チームが選んだ道とは？今再び、大人になった選ばれし子どもたちが出動する！
主人公の少年・新海ハル（中１）は、選ばれし人間だけが扱える“アプリドライヴ“を手に入れ、検索アプリのモンスター・ガッチモンと出会う。ガッチモンによると、スマホの奥に広がるインターネットの海で、 今“凶悪なるラスボス人工知能・リヴァイアサン“がとんでもないことを企んでいるらしい。 日々、友達に比べて自分はどこか脇役っぽいと感じていたハルは、その騒動を巡って、初めて大きな一歩を踏み出す。「なるんだ！ボクがホントの主人公に！」その決意のもと、ガッチモンとペアリングし、バディーとなったハルは、“アプモンチップ“となって現実世界に出てきたガッチモンを、“アプリドライヴ“によって実体化=“アプリアライズ“させて、敵のアプモンに立ち向かう！他のアプモンの力を借りる“アプリンク“。そして、新たなアプモンに進化する“アプ合体“を駆使し、ハルは騒動を起こすアプモンとアツく戦い、ネットの海に潜む人口知能について知っていく。すべての鍵を握るのは優しさ。仲間とともに現実と向き合い、自分の人生の選択をしていく新感覚バディストーリー。
