希望の新天地と呼ばれる次界に到達しながらも、天使と悪魔たちの戦いは激しさを増すばかりで、いっこうに収まる気配を見せない。心を痛めるヘッドロココは、今までの長い旅の道のりを思い出していた。仲間たちとの出会い、苦しくも充実していた旅の日々、そして悲しい別れ…宿敵であったワンダーマリアに対しても、ヘッドロココの胸の内には、複雑な想いが色濃く残っていた。だが、天使と悪魔の戦いが世界の終焉を招くほど激しくなった時、迷いを捨てたヘッドロココは、アンドロココとなって戦場に姿を現した。ゆるぎない決意を心に秘めて…。
表層界で平和に暮らしていた天使と悪魔とお守りたち。この世界の創造主である聖神は、彼らの指導者として、スーパーゼウスとブラックゼウスという双子の次神子を誕生させる。しかし、表層界を我がものにしようという野望をいだいた始祖ジュラが、ブラックゼウスを体内に取り込み、悪魔たちを率いて戦乱を起こしてしまった。これに怒った聖神は、表層界を天聖界と天魔界の二つの世界に分断してしまう。こうして天使とお守りは天聖界に、悪魔は天魔界で暮らすようになったのである。それから長い年月が過ぎたある日、天魔界の新たなヘッドとなったスーパーデビルが、突如として天聖界に攻撃をしかけてくる。悪魔たちの攻撃に荒廃する天聖界を憂いたスーパーゼウスは、次界創造の使命を背負った聖神子・聖（セント）フェニックスに、８人の若神子を探すよう命じるのだが…。
まだ空間さえなかったころ。一筋の光が差し込んだ後、「真白域」と「真黒域」というふたつの世界が生まれる。真白域には超聖神ディアナ、真黒域には超聖神クロノズーが現れ、それぞれの世界を治めた。だが、ふたりの超聖神はとても仲が悪く、お互いを滅ぼそうと戦いを始めてしまう。戦いの真ん中に生まれた「まとば」と呼ばれる不思議な世界に、あるとき７つの流れ星が降り注いだ。その流れ星を偶然に目撃したお守りの聖光ゲンキと聖太子ジェロは、記憶をなくした十字架天使という天使とカメに出会った。そのカメから現れた未来の天使ヘッドであるスーパーゼウスから、７人の若神子を探し出して真白域にいるディアナに会いに行くよう言われたのだった。やがて最初の若神子のヤマト王子と出会った一行は、残りの若神子を捜して、まとば世界を旅することに。しかし、まとばにも、クロノズーの命を受けて天使やお守りを悪魔に変えようとする、魔妃ネロクイーンの魔の手が忍び寄っていたのだ！
天使と悪魔が手を取り合った聖魔和合から幾年もの時が過ぎ、悪魔たちは再び天使との戦いを始めた。天使軍は強力なメカを擁する新生悪魔軍に敗れ、指導者スーパーゼウスまでもが捕らわれてしまう。かろうじて逃れた天使たちは、お守りたちの住む天地球に潜んでレジスタンスになった。それから１０年、悪魔軍の侵略の手はついに天地球にまで及んできた。首都・テラサピエンスは破壊され、不気味なバイオ悪魔の手に落ちてしまう。しかし、まだ希望の灯は消えていなかった。伝説の勇者アンドロココの超聖理力（セントフォース）を受け継ぐ少年・フェニックスが生き残っていたのだ。彼は謎の飛行物体メカタートルから、悪魔軍の目的が巨魔界神ザイクロイド・アノドの復活だと聞くと、封印の鍵を握る石版を求めて旅に出るのだった…。
長く続いた天使と悪魔の戦いも終結し、希望の新天地であった次界は“聖魔和合”によって天使も悪魔もお守りも平和に暮らせるようになっていた。そして聖魔の戦いも遥か昔の出来事になった時代の話。お守りのピア・マルコは、ひょんなことから次界の時間を管理する“時の塔”へと入り込み、スーパーゼウスからセント・ボックスに入っていた次界の滅亡という未来を見せられる。そして同じく次界滅亡を見てしまった生真面目な天使ベリー・オズと、財宝目当ての悪魔ディオ・コッキーと共に、次界を救う聖なる宝石“セント・ジュエル”を探すため旅立つことになるのだった。その案内人はセント・ボックスから現れたバイオバイザ・ワープスライダーＰ、通称ワッＰに乗っていたもの言わぬ謎の少女プッチー・オリン。こうして始まった冒険は、マルコの隠された秘密を解き明かす旅でもあったのだ…。
天使とお守りたちが平和に暮らしている世界『天聖界』。そこへ『天魔界』を支配するヘッド・スーパーデビルの命令により、悪魔たちが攻撃を仕掛けてきた。悪魔たちの攻撃で天聖界が荒廃していく中、天使たちの指導者であるヘッド・スーパーゼウスより新たな世界『次界』の話を聞いた天使ヘッド・聖フェニックスは、希望の新天地である『次界』を目指す旅に出ることを決意する。その聖フェニックスの下へ、共に次界へ向かおうとする若神子たちが一人、また一人と集結する。一方の天魔界では、次界への旅を邪魔するために、凶悪な悪魔たちを次々に刺客として送り込む。かくして、天使と悪魔の激しい戦いが再び始まることになった。かつての戦いが、表層界を天聖界と天魔界という二つの世界に分けたように…。
