16世紀の日本。ハイランダーを倒し世界最強の支配者になることをもくろむ魔術師ケインは、マクラウドとの対決で、霊山の洞窟に閉じ込められてしまう。400年の時が流れた1994年のニューヨーク。ハイランダーは古美術商ラッセル・ナッシュと名乗り平穏な生活を送っていた。しかし日本の大企業が伝説の霊山付近に工場を建てたことでケインが蘇り、再びハイランダーと魔術師の壮絶な戦いが始まってしまう。
西暦2024年。地球はオゾン層を失い、巨大なシールドに覆われていた。その開発者のひとり、マクラウドは今や65歳の老体だったが、その正体は500年前、惑星ザイストから地球に流刑にされた不死身のハイランダーだった。ある夜、高温多湿の地球を管理するシールド・コーポレーションに反抗を企てるコバルトの指導者ルイーズと出会った直後、宿敵カターナ将軍の刺客が現れる。死闘の末、彼らを倒しかつての力を取り戻し若返ったマクラウドは、再び不死身の戦士ハイランダーとして蘇る。
