とある地方都市を訪れていた伸山賢兵は、この地を根城とする夜叉一族の娘・あずさと知り合う。実は伸山の正体は、日本政府の秘密警察「特捜密殺員」から、夜叉一族と争っている“殺しの軍団”の異名を持つ武闘派ヤクザ・岩城勇吾率いる岩城組の殲滅を依頼されたフリーの殺し屋であった。
日本政府が極秘で組織した秘密警察「特捜密殺員」を率いるチーフ・神岡将士は、戦力拡大のためにフリーの殺し屋・伸山賢兵に目をつけた。神岡からの勧誘を頑なに拒む伸山であったが、そんな中、謎の女暗殺者の襲撃を受ける。その危機を救った志水舞瑠は「夜叉組」の仕業と推測するが…。
