少林寺での四年に及ぶ過酷な修行を終え故郷に帰ってきた方世玉（ほう・せいぎょく）。友人たちと久しぶりの再会を喜び合うのも束の間、待ち受けていたのは、朝廷の役人による巨額な金が絡んだ汚職事件だった。その証拠となる台帳は、方世玉の幼馴染である周蓉（しゅう・よう）の父・周峰（しゅう・ほう）が、汚職を暴くために盗んでいたのだ。台帳を取り戻すためなら手段を選ばず人の命も簡単に奪っていく腐敗した役人たち。周峰は拷問にかけられ、娘の周蓉も捕らえられてしまう。そして追手は、方世玉とその仲間、家族にも迫っていた。立ちはだかる黒幕である卾尓多（がく・じた）と、奴に操られる“半人半獣”の怪物・吐賀灼（と・がしゃく）。仲間や家族を救うため、そして世の不正を暴くため、方世玉は、正義の少林拳で戦うことを決意する。
明1554年。中国各地で、悪魔の集団と呼ばれる侍姿の海賊が、暴虐の限りを尽くし侵略を続けていた。そこで朝廷は、少林寺から僧侶を派遣し、明軍に拳術を教授するよう命ずる。選ばれたのは、20年以上寺で修行に励んできたウージュエを筆頭とした18人の僧兵たち。意気揚々と出発した彼らが目にしたのは、海賊に襲われ、川に流された大量の死体と、逃げ惑う村人たちの姿。極悪非道な虐殺を繰り返す海賊と対峙し、図らずも戦いを強いられる。例え人を救うためであっても、殺生は許されぬのが仏の教え。敵を生かしながら、修行で培った少林拳の圧倒的な強さで海賊たちを制圧するウージュエたち。しかし、海賊に父を殺され、母と妹を連れ去られた過去を持つウージョンだけは、怒りを抑えきれず、敵軍の総長である小西と呼ばれる双子の弟を撲殺してしまう。弟の死を知った兄は、僧兵たちへの燃え盛る増悪に駆られ弟の敵討ちを誓う。やがて、明軍の校尉と合流を果たした18人の僧兵たちは、復讐の鬼と化した小西率いる一団から村人や仲間を守るため立ち上がる。かくして、正義を賭けた少林拳VS侍軍団の死闘が始まった。
