世界各地で頻発する地震や異常な火山活動。マントル層の異変を察知した地質学者のジェイクは、かつて自身も関わっていた地球深部での大規模な掘削作業、“DEEP計画”の影響で太平洋プレートに亀裂が生じていることに気づく。ジェイクは、旧友のパーマーやカレンと共に破滅を回避するただ1つの方法を発見する。それは最新鋭の地底掘削マシンで地下40キロのマントル層に突入、核爆発の高熱でプレートの亀裂を“溶接”することだった。一方、地上ではこの未曾有の危機を公表すべきか否かで議論が巻き起こり、人類の存亡をかけた決断の時が迫っていた。
嵐の太平洋上で、政府専用機が消息を絶った。その機体には米軍が極秘開発した“ロビタリアン”と呼ばれるロボットのプロトタイプが積まれていた。そのロボットは、生体力学に基づいて開発された特攻用の部隊となるはずだった…。24時間以内の回収指令を受けたタニー少佐率いるチームとロボットを開発した博士スーザンを連れ、機体の墜落現場である無人島に飛ぶ。しかしその頃、暴走を始めた2体のロボットは、自我に目覚め、人類に闘いを挑もうとしていた。
突如発生した謎の赤い塵。その塵を吸った者は何かに操られたように人に襲いかかり始めるが、それは人類を支配するためにエイリアンが作りだしたものだった！しかし、元ＣＩＡアナリストのジムだけは凶暴化することなく、塵を吸ったことを機に超人的な力を手に入れていた。未曽有の事態を前に、各地の特殊部隊や軍から優秀な人材が集められ、対エイリアンとの戦いを想定した訓練を開始。そこにはジムの姿もあった。だがその訓練基地にエイリアンが侵入。仲間の裏切り、襲い来るエイリアン…。ジムと仲間は人類を救うことができるのか？
