ある日突然、猛烈な放電と竜巻をまき散らし、接触したあらゆる物体を粉砕・ガス化してしまう巨大な赤い大竜巻が各地で発生。アメリカではニューヨーク、ボストン、ワシントンDCにかけて街が消滅。そんな時、とある田舎町では救助活動に奔走する高校教師ジェイソンが、道中に救出した素粒子物理学者キャロリンから驚くべき事実を知らされていた。それは、この嵐の猛威を止めるためには、ジェイソンの息子ウィルが偶然にも発見した、素粒子分解装置がカギを握るということだった。
ドイツ・ベルリン。スパイ組織NIAの工作員ジェイコブは、相棒のマルタとともにKGBの男を亡命させる任務を実行していた。しかし、計画を察知した何者かによって任務は失敗、その数日後にベルリンの壁は崩壊し東西冷戦の時代は幕を下ろす。それから長い月日が経ち、イタリア・ミラノで写真家として活動していたジェイコブは、きな臭い世界から離れ、女性の友人との間に娘ジュリアを授かり第2の人生を送っていた。ある日のこと、ジェイコブ家の電話にかつての相棒マルタから「会いたい」というメッセージが残されていた。緊迫した声の様子が気になったジェイコブはマルタを駅まで迎えに行くが、久しぶりに会った彼女は記憶喪失に陥っていた。
メリーゴーランドに乗っていた3歳の娘ヘイリーを、柵外から撮影していたカレン。しかし回転の死角に入った一瞬の隙に娘が消えてしまった。誘拐事件としてFBIや警察が捜索、カレンと夫ティムもあらゆる手を尽くすがヘイリーは見つからず2年の歳月が過ぎた。娘の捜索に取りつかれたままのカレンを支えきれなくなった夫は去り、カレンは睡眠薬で自殺を図るも、タリー刑事と友人メーガンに救われる。その10年後。未だ娘を捜すカレンは、コルウッドの高校で生徒の写真撮影の仕事を行っていた。そのなかに娘の面影がある生徒エマがいた。娘だと確信しエマの周囲を調べ始めたカレンは、過去にも他人を娘だと思い込み、迷惑行為で訴えられた過去もあり、精神鑑定で再犯可能性も疑われていたが…。
アメリカ合衆国副大統領のウォーカーとその側近、シークレットサービスのデラニー、新人記者のシャロンを乗せた政府専用機エアフォースツー。地球温暖化防止策を議論するため東京に向かう太平洋上陸を飛行中だった。しかし急な悪天候で稲妻に直撃、制御不能に陥ってしまった機体は、緊急着水を余儀なくされる。すさまじい衝撃で海面へ激突し、側近らの遺体が海に浮かぶ中、何とか持ちこたえた機体の中から、間一髪ウォーカーらは脱出に成功。近くの島へ上陸し安堵したのも束の間、元軍人アームストロングが率いる反乱軍がアジトとする島に上陸したことで、一触即発の事態へと発展してしまう。
