元空軍パイロットのジョンは、過去に悪天候の中で飛行機を不時着させる事故を起こし、第一線を退いていた。そんな彼に、大富豪デイビスから娘ロシェルの護衛として、オーストラリア旅行に同行する依頼が舞い込む。子守のような任務に不満を感じつつも、依頼を受けたジョン。しかし3万フィート上空で突然のハイジャックが発生。乗務員に扮装していた犯人グループが、ロシェルを誘拐しようと計画を企てていた。機内での激しい銃撃戦の末、主犯格の男を拘束したジョン。しかし傷ついた機体からは燃料が漏れ、さらに機長も重傷を負い、台風が近づく飛行機は操縦不能の危機に陥ってしまう。
高級住宅地でベストセラー作家の母と二人で暮らすリリー。ある日、いつものように公園をジョギング中、覆面姿の不審者に襲われる。間一髪、見知らぬ男性が助けに入った隙にリリーはその場から逃げ出すことができ、その足で警察署へと向かった。迎えに来た母と一緒に自宅へ戻ると、浮気が原因で別れた元恋人のスコットも心配して訪ねてくるが、リリーは冷たく拒絶。そんな一日の出来事を親友ケイトに報告していたカフェで、助けてくれた男性を偶然見かけるのだった。すぐさまお礼を伝えるリリーは、ミックと名乗る彼に好意を抱き、二人は急接近する。一方スコットは、港に停泊する船でたった1人で過ごすミックを不審に思い、探偵に素行調査を依頼する。
カリフォルニア沖で海底地震が発生。地底深く眠っていた古代生物“スーパーシャーク”が目覚めた。クジラ並みの巨体、驚異のスピード、水中だけでなく陸上でも暴れる怪物の襲撃に、ビーチは阿鼻叫喚の地獄と化す。海洋生物学者のキャスリーンは軍と共に撃滅作戦を展開するが、“スーパーシャーク”は原潜を撃沈、戦闘機も撃墜し、その猛威は止まるところを知らない。米軍はついに新兵器“ウォーキング・タンク”を投入。西海岸を炎に包む、最終決戦の火蓋は切られた！！
