1976年。12歳の少年ジェームズは、父とともにネス湖で“それ”が目を覚ます瞬間を目撃する。次の瞬間、父は命を奪われ、ジェームズは顔に深い傷を負った。それから30年後。五大湖のひとつ、スペリオル湖で謎の死体が次々と発見される。未確認生命体を追い求め、動物学者となっていたジェームズは、あの日の怪物を探し続けていた。そして行き着いた場所こそが、この湖だった。父を殺した“ネッシー”は地底トンネルを通じて移動し、今なお生き延びていた。ジェームズは地元ガイドのジョシュと手を組み、ついに怪物と対峙する。湖畔の静寂を破る、恐るべき捕食者との戦いが始まる！
末期ガンに侵された考古学者スタンフォード博士は、自らの命を救うため、フェニキア神話に語られる嵐の神“バアル”の神具である護符の1つを掘り起こしてしまう。その瞬間、北極上空に異常な巨大嵐が発生。封じられていたバアルの力が目を覚まし、超自然の嵐が世界を次々と襲いはじめた。考古学者ヘルムは博士に警告するが、博士は護符の捜索に取り憑かれたように突き進む。やがて第2、第3の護符が発掘されるたび、新たな巨大嵐が世界を飲み込み、大都市は次々と壊滅していく。人類を滅亡から救えるのは、最後の護符を見つけ出すことだけ。ヘルムは第4の護符の行方を追い、時間との戦いに挑む。
クリスマス・イブの日、アラスカのアメリカ陸軍基地に勤務する地質学者マイケルは家族と共にフェートン山へ、モミの木探しに出かける。しかし、その最中に突如として群発地震が発生し、地面に大きな亀裂が生じる。調査を進めるうちに、マイケルは溶け出した永久凍土から大量のメタンガスが漏れ出していることを突き止める。このままでは、地底に蓄積されたメタンガスが大噴出し、壊滅的な被害をもたらす可能性があるとして、マイケルはこの未曾有の危機を阻止するために奔走するのだが…。
グレイ･ウォッチ研究所で、強力な電磁波によって物体を不可視化する極秘裏の実験、“フィラデルフィア計画”が行われていた。それは、第ニ次大戦中に米海軍が行った実験の再開だった。だがその影響によって、70年間も消息不明になっていた護衛駆逐艦エルドリッジが、突如現代に出現！博士の見解として、実験装置を起動させた際、巨大エネルギーが発生したことで重力の裂け目、そして時空の裂け目ができ、現代と70年前の磁場がつながり駆逐艦が現代に瞬間移動したとのことだった。駆逐艦はその後、シカゴ中心部やサハラ砂漠、イギリス西海岸などに出現し、世界はパニック状態に。駆逐艦とともにタイムスリップしたガードナー大尉は、孫娘モリーと出会い、壊滅の危機を阻止すべく、暴走する駆逐艦の制御へと務めるのだが…。
アメリカ・ネバダ州。ある日、謎の巨大植物が強烈なスピードで繁殖する異常事態が発生。その正体はエデンの園に生えていたとされる古代植物で、あらゆる不純物を浄化し、人類に終末をもたらす滅びの種ということが判明する。軍の攻撃も空しく、瞬く間に巨大植物に覆われてゆく大地の数々。植物博士ジョスリンは、研究を共にしていたかつての同僚、フレーム博士が“エデンの園の種”を蘇らせたと知り、研究所へ向かうのだが…。
アメリカの田舎町である日、ロシア製の人工衛星が墜落した。その瞬間を目撃し残骸を拾いに行ったジェイクとイーサン兄弟は、カネに困っていたこともあり、スクラップ業者のアールに800ドルでその残骸を売りつけた。アールは変わった趣味を持っており、町の100周年祝いで披露するという、クズ鉄を溶接して作り上げた体長5メートルのオブジェ“ゴーレム”を制作していた。しかしほどなくして、アールが目を離した隙にゴーレムが突然動き出し、町の人々を襲い始めてしまう。
航空会社を経営する実業家のフォスターは、環境破壊で汚染された大気に関して、日夜熱心に研究を続ける博士。ある日、大気中のメタン濃度が3倍となった今でも有効な手立てがない事象に対し、1億ドルを提供して有人宇宙船“ガリレオ”を打ち上げ、その答えを持ち帰ろうとしていた。しかし機体からの連絡が突如途絶えてしまう。同じ頃、軍事衛星が次々と落下し、世界基地で被害が続発。原因は、太陽の異常活動にあった。大量のCMEと呼ばれるコロナ質量が放出し、オゾン層の穴から大気圏に侵入していて…。
水星探査に向かった宇宙船ノーチラス号が消息を絶った。物理学者のプレストン博士は、太陽活動の異常により水星が軌道を外れたことを察知する。このままでは地球と水星は衝突し、人類は滅亡してしまう。そんな最悪な事態を回避するため、プレストン博士は封印されていた“プロジェクト7”を再起動させる決意をする。それは、宇宙空間を漂う小惑星を標的に激突させ、その軌道を変えるという計画だった。しかしそのためには、宇宙船を小惑星に送り込む必要があり…。
