アメリカ・ミネソタ州。ある日、不可解な火災が相次いで発生する。出火元も延焼ルートも不明。現場に残されていたのは、燃え尽きた遺体と、まるで意思を持つかのように動く炎の痕跡だった。消防士歴6年のジェイクは、目の前で仲間を失いながらも、その“炎”の正体を目撃。それは竜のような形をした、まさに生きているかのような炎だった。やがてジャックは元消防士ダッチと出会い、「あの炎は太陽の爆発によって生まれた宇宙生命体だ」という衝撃の真実を聞かされる。40年前、地球に飛来した炎に恋人を奪われて以来、ダッチはその“炎の怪物”を追い続けていたという。ジェイクは、国家消防局のアンドリュースと共に、地球を焼き尽くそうとする未知の炎に立ち向かう。
世界各地で頻発する地震や異常な火山活動。マントル層の異変を察知した地質学者のジェイクは、かつて自身も関わっていた地球深部での大規模な掘削作業、“DEEP計画”の影響で太平洋プレートに亀裂が生じていることに気づく。ジェイクは、旧友のパーマーやカレンと共に破滅を回避するただ1つの方法を発見する。それは最新鋭の地底掘削マシンで地下40キロのマントル層に突入、核爆発の高熱でプレートの亀裂を“溶接”することだった。一方、地上ではこの未曾有の危機を公表すべきか否かで議論が巻き起こり、人類の存亡をかけた決断の時が迫っていた。
アメリカ・ネバダ州。ある日、謎の巨大植物が強烈なスピードで繁殖する異常事態が発生。その正体はエデンの園に生えていたとされる古代植物で、あらゆる不純物を浄化し、人類に終末をもたらす滅びの種ということが判明する。軍の攻撃も空しく、瞬く間に巨大植物に覆われてゆく大地の数々。植物博士ジョスリンは、研究を共にしていたかつての同僚、フレーム博士が“エデンの園の種”を蘇らせたと知り、研究所へ向かうのだが…。
航空会社を経営する実業家のフォスターは、環境破壊で汚染された大気に関して、日夜熱心に研究を続ける博士。ある日、大気中のメタン濃度が3倍となった今でも有効な手立てがない事象に対し、1億ドルを提供して有人宇宙船“ガリレオ”を打ち上げ、その答えを持ち帰ろうとしていた。しかし機体からの連絡が突如途絶えてしまう。同じ頃、軍事衛星が次々と落下し、世界基地で被害が続発。原因は、太陽の異常活動にあった。大量のCMEと呼ばれるコロナ質量が放出し、オゾン層の穴から大気圏に侵入していて…。
すべては小さな町から始まった。自然を支配するために開発された劇薬が、最も凶悪なスズメバチをさらに凶暴化させ、殺人蜂を生み出してしまう。血肉を求め人類に牙を剥いた黒色の堕天使は、一つの街を全滅させるだけの力を持ち、欺き、欲深く、不信心な罪深き人間にその鋭利な剣を降りおろしていく。目を刳り貫き、その身体に毒性の腫れものを残し、苦しみもだえながら死んでゆく人間たち。そして世界が終末を迎える時、神は一体、我々に何を与えたまうのか？
