世界最高の技術を誇るホルター石油会社の海洋原油掘削装置リグが、大爆発を起こした。その頃、学生たちを連れてマイアミの湿地帯を訪れた地質学者アントワネットは、周囲の異変に気づく。湯だって死んでいるワニ、二酸化硫黄の匂い…。原因はホルター社のリグが溶岩の流れる場所を掘り起こしてしまったものだったが、違法掘削事業が公になるのを恐れる同社は、そのまま内密に事を進めていく。しかし、そのせいで大量のマグマが地中の溶岩トンネルを通過。マイアミ沿岸へ到達したことから、超高温の蒸気が津波のように発生し、100人以上の死者が出る事態に。一方、自分の研究がホルター社に盗用されていると睨んだアントワネットは、独自の調査を開始する。
ワシントンDC周辺に奇怪な気象現象が発生！ホワイトハウスを竜巻が襲い、半壊の被害を受ける。警察官のデヴィッドと弟ジェイコブは、父親であり有能な科学者の博士グランジが、過去の遺恨を晴らすために、気象をコントロールしているのではないかと疑っていた。博士の下で働くサマンサも同じ疑いを抱き、ジェイコブにその危険性を伝えていた。その後、博士が気象兵器を操っていることが明るみになり、放送局をハッキングして気象テロを起こすと宣言する。その後、博士が操る超ド級のメガ竜巻がゆっくりとワシントンDCに接近していく。
ホローマン高校の卒業を間近に控えた男子生徒クエンティン。彼は、殺人カルト教祖だった初代校長、故ダンフォースを祖父に持つという、誰にも言えない秘密を抱えていた。しかしある放課後、歴史教師のマイヤーズにその秘密を暴かれてしまい、祖父の形見である金のコインを奪われてしまう。すると突然、学校が大きな地震に襲われ、プロムの準備に追われていた生徒や教師たちは大混乱。唯一、学校に何が起きたのかを悟ったのは、寡黙な清掃員オーティスだった。クエンティンと仲間たちは脱出を図るが、不思議にもドアや窓は一切開かず、外に出られない。さらには延々と続く廊下や、縮んでいく教室など、校内のあちこちで起きる不可解な現象が現れ始める。
妻を亡くし17歳の娘ケリーと暮らす農夫のジャド。ある日、自宅の近くで突如発生した竜巻に遭遇。かろうじて難を逃れた二人だったが、ジャドは緑色の光を放つ不思議な竜巻に胸騒ぎを覚えた。一方、人気気象ブロガーで竜巻研究者のゲイルは、気象局に報告されていない竜巻が頻発していることを不審に思い、調査のため発生地域へ向かった。すると、連邦捜査官と名乗る黒づくめの男たちに調査を邪魔されてしまう。やがてケリー親子と出会ったゲイルは、この竜巻が自然現象ではない国家的な秘密が隠されてるのではと思い始める。
