妻を亡くし17歳の娘ケリーと暮らす農夫のジャド。ある日、自宅の近くで突如発生した竜巻に遭遇。かろうじて難を逃れた二人だったが、ジャドは緑色の光を放つ不思議な竜巻に胸騒ぎを覚えた。一方、人気気象ブロガーで竜巻研究者のゲイルは、気象局に報告されていない竜巻が頻発していることを不審に思い、調査のため発生地域へ向かった。すると、連邦捜査官と名乗る黒づくめの男たちに調査を邪魔されてしまう。やがてケリー親子と出会ったゲイルは、この竜巻が自然現象ではない国家的な秘密が隠されてるのではと思い始める。
