1944年9月。大統領令により、スマトラ島の近くで撃ち落とされた戦闘機C-47パイロットの救出任務を受けた米潜水艦シーヴァイパーの艦長カルペッパー。上陸部隊により難なくパイロットの救出に成功するが、彼らが撃ち落とされる直前、空から衝撃的な光景を目にしていた。それは、日本軍の支配地域であるこの海域に、いるはずのないドイツ軍らしき潜水艦を発見したことだった。不穏に感じた艦長カルペッパーは、仲間を艦に戻し、自ら島を偵察することに。一方、艦に戻ったキーナンは、艦長不在の中、ライバルであるカッターと意見の食い違いから指揮権でもめる事態に。日本軍の駆逐艦が巡回する危険海域で、2人の激突がクルー全員の危機へとつながっていってしまう。
