かつて精鋭部隊・コマンドーの隊長として名を馳せたジョン・ハンターは、現在は軍を退役し、元妻のローリーとの間に設けた愛娘・ジェニーを想いながら山荘での静かな生活を送っていた。そんなある日、ハンターが暮らす山荘をかつての戦友ホプキンズ将軍が訪れ、謎の忍者軍団によりローリーは殺害され、ジェニーが誘拐されたことを知る。元妻の死を喜ぶハンターだったが、娘を取り戻すべく単身で忍者軍団に戦いを挑むことを決意する。事件の裏には謎の男キンスキーが関わっていることが判明するが……？
