はるか遠い昔。異次元から出現したエイリアンを阻止する、光の守護者“ガーディアンズ”がいた。彼らは秘密裏に活動を続け、その歴史は何世紀にも渡り受け継がれてきた。そして時は現代。新たなガーディアンズたちを前に、闇落ちした博士ストランドが無数のエイリアンを従え、人類の絶滅を目論んでいた。ガーディアンズは、アレックスをリーダーとする特別チームを招集し、マシンガンの応酬すら効果がないエイリアンの倒し方を模索。そのヒントは、ストランドが所持する書物に書かれていると悟ったアレックスは、その書物を手に入れるため、ある秘策に出る。
