西暦2036年。緊張すると声が出なくなってしまう場面緘黙症を患う伊勢田みゆき（米澤成美）は、人工ブラックホールの研究を行う「人工縮退研究所」の総務部職員として勤めていた。ある日、同研究所の赤城容子教授（鳥居みゆき）が見えない時間の壁「ボブル空間」を作り出し、３時間後に時間犯罪を起こして人類に復讐することを予告する。研究所のほとんどが機能しなくなった中で偶然にも難を逃れた伊勢田は、事件解決のカギを握る同研究所准教授の吉住あおい（吉見茉莉奈）をボブル空間から救出することを決意。次々と発生するボブル空間により崩壊していく世界。果たして人類滅亡を阻止することができるのか。
生きものが丸切りいなくなって、千年ほど経った星に残された一体のAI。人の心の恐れや痛みを和らげ、 祈るために神の似姿として作られた彼は、渡りの途中に立ち寄ったつばめ(スパイ用に作られた長距離高 速移動型AI)に出会ったことで、初めて自らの心の輪郭を感じ始める。つばめが去った後、身体を失い、 思考回路のある心臓部だけの「小石」のような見た目になっても、彼は過去の記録を反芻し思考し稼働を続けていた。ある日その傍らに、生きている何者かが内包された、生命維持装置カプセル「棺桶」が落ちてくる。
都会の喧騒から遠く離れて、水辺の街で1週間のヴァカンス――海に行き、靴を買い、恋をする?東京生まれ東京育ちの絵里は、ストレスが溜まる都会での生活を抜け出して、地方の水辺の街でヴァカンスを過ごすことに。亡くなった祖母の古民家で暮らす一週間の中で、絵里はその街で生きている人々と交流する。建築家の従兄とそのフィアンセ、大学生の従妹、靴職人、古墳研究者、バックパッカーなど、一癖ある人ばかり。そんな出会いと祖母の遺したものたちが絵里を少しだけ変えていく――
