星歴4044年。銀河は激しい戦闘の混乱に陥っていた。地球人のカリ王女によって結成された宇宙反乱同盟軍と、爬虫類人の秘密結社・アルコン軍との戦いである。両軍とも多くの死者を出したこの戦いは、同盟軍がアルコン軍のリーダー・ラスチャイルドを葬ったことで終戦。両軍は争いを避け、互いに離れて暮らしていていくことで平和を取り戻していた。しかしそこに突然、メガドロンが出現した。西暦1945年、ナチスの機密実験により人類とサメのDNAを融合し誕生した生物であり、凶暴な戦闘マシンであるメガドロンは、次々と同盟軍の宇宙船に攻撃を始める。事態を重く見たカリ王女は、同盟軍のエースパイロット・ビッグフットにメガドロン討伐の命令を下す。
