突然変異によって高度に発達した知能を持った蟻・ギドロン。優れた科学力で多数の昆虫ロボットを製造する彼らは、捕まえた人間を自分たちと同じサイズにまで縮小し、昆虫の特性を与えたミクロの戦士を生み出した。それがミクロイドだ。そのミクロイドであるヤンマ、アゲハ、マメゾウの三人が、ギドロンの脅威を知らせるために、命がけで人間の世界に脱走してきた。だが、彼らの警告は誰にも信用されなかった。ミクロイドを利用しようと考える人間までが出現する始末。絶望するヤンマたちだったが、偶然出会った美土路博士とその息子・学だけはギドロンの存在を信じ、協力を約束してくれた。こうして頼もしい理解者を得たヤンマたちは、人類を滅ぼそうと企むギドロンを撃ち破るため、人知れずミクロの戦いを開始した！
