クレヨン王国のシルバー王女は、笑顔がステキな女の子。だけど１２もの悪いクセを持っているので、カメレオン総理や１２色のクレヨン大臣たちは、いつも困っています。そんな王女の１２歳の誕生パーティーが盛大に開かれました。王女は会場で好みのタイプの少年を見つけますが、１２も悪いクセを持つ女の子になんて興味はないと、相手にしてもらえません。むくれるシルバーの傍らで、少年はシルバーの両親である国王と王妃を石に変えてしまいます！このままでは二人が死んでしまいます・・・王女は姿を消した少年を捜し、ついでに魔法を解いてもらうため、旅に出る決意をしたのでした。行く手には何が待っているのでしょう？可愛くて楽しくてドキドキと不思議がいっぱいの、大冒険の始まりです！
花咲つぼみは花や植物が大好きな中学２年生の女の子。ある日、つぼみは不思議な夢を見た。大きな木に咲く美しい花。だが、たちまち全ての花が落ちてしまう。そしてそこから妖精が飛び立っていく……。それから数日後。明堂学園へ転校したつぼみの前に、なんと夢で見た妖精が現れた！妖精はつぼみに、伝説の戦士プリキュアになって、“こころの大樹”を守って！みんなの“こころの花”を咲かせて！と頼む。自分にそんなことはムリと断るつぼみ。だが、突然謎の敵が襲ってきて、新しいクラスメート・来海えりかの“こころの花”を奪ってしまう。えりかの心を救うには、プリキュアになって戦うしかない！つぼみは勇気を出してプリキュアに変身する！
ガリハバラは科学者の町。ここで暮らす住民は、ニュートンやエジソンやキュリー夫人やガリレオといった、有名な学者ばかりです。たま～にやって来る路面電車から、今年はどんな女の子が降りてくるのでしょう？科学を好きにならないと、もとの世界には戻れないみたいですよ。――きっと大丈夫ですよね。去年のマリカだって、はじめは科学の話を聞くだけで眠くなっていたのに、最後はその科学を使ってガリレオの命を助け、無事に帰っていったのですから。でも、新しく来たノリカという女の子は、マリカなんて比べものにならないくらい科学が大っきらい！ちょっとでも科学に触れると、イライラが爆発。ぬいぐるみのクマちゃんが、ご主人さまの代わりに巨大化して大暴れしてしまうのです。このままじゃ、ガリハバラが滅びてしまいます。ガリレオが慌ててマリカを呼び戻しますが、果たしてどうなってしまうことやら…。
ゴスロリファッションに身を包んだ、女子中学生のマリカ。ある日、うたた寝をしていた彼女は、目が覚めると不思議なチンチン電車に乗っていた。チンチン電車がたどり着いたのは、見たこともない街・ガリハバラ。街には誰もがどこかで名前を聞いたことのある科学者たちが住みつき、働きながら仕事をしていた。迷子になってしまったマリカは、ガリハバラに来た途端に動き出したぬいぐるみの「ペット」と共に、キュリー夫人のペンションで暮らすことになる。どうやらガリハバラには、科学の苦手な子供たちが集められているらしい。理科の授業になるとすぐに眠くなるタイプのマリカだが、ガリハバラで暮らし、科学者をはじめとする様々な人々と触れ合ううちに、次第に科学の面白さに気づいてゆく…。
美空小学校の１学期も今日で終わり。どれみは通信簿をドキドキしながら開きます。成績が上がっていれば、夕食は大好物のステーキ！ でも…ステーキさん、さようなら…。ガックリしたところを小竹にからかわれて、いつものように大ゲンカ。その小竹たちは、ないしょの冒険旅行を計画しているみたいです。男の子ってバカみたい。自転車に乗って富士山にのぼるなんて、ぜったいムリにきまってるよ。 腹の虫がおさまらないどれみも、計画のことは気になるようで、魔女見習いに変身してこっそりついていくのですが…。一夏の冒険に、甘酸っぱい初恋の想い出。大切な人の涙と絆、愉快な日々と出会いと別れ…。おジャ魔女たちのナイショの物語が始まります。
ついに魔女にしてもらうことを女王様と約束したどれみたちは、魔女界からの報せを毎日首を長くして待っていた。しかし何の連絡もないまま、とうとう新学期を迎えてしまう。始業式の朝、どれみたちが学校に行くと、金色の髪をした可愛い女の子が待っていた。女の子はどれみのことをよく知っているようだが、どれみはその子に見覚えがない。首をかしげていると、女の子はとんでもないことを言った。何と、自分はハナちゃんだというのだ。ハナちゃんはどれみたちと一緒に学校に通うため、自分に魔法をかけて６年生になってしまった。しかも、そのために魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を割ってしまったらしい。美空小学校での最後の一年は、人間界の常識なんて少しも気にしないハナちゃんを加え、大騒ぎのうちに幕を開ける！
ハナちゃんを救うため魔法の水晶玉を失ってしまい、普通の女の子に戻ったどれみたち。自らを犠牲にして子供を守る無償の愛に免じて魔女に戻しては？と提案する女王様だが、元老院の魔女６人に反対されてしまう。水晶玉を持たないどれみたちが魔女になるためには6人の魔女が出す試験にすべて合格しなくてはならない。新しい仲間として‘ももこ’が加わって再び魔女見習いになったどれみたち。さて、難関を乗り越えて立派な魔女になることができるのか……？？
魔女見習いの資格を取り上げられ、普通の女の子に戻っていたどれみたち。そのせいでマジョリカは元の姿に戻ることができなくなり、魔女界に戻ることにした。元の姿に戻れない悲しさ、でも誰も恨めないという優しさ、そしてどれみたちとの別れを惜しむ寂しさ…。そんな複雑な気持ちのマジョリカは、どれみたちに書置きだけを残して、見送られる事なく帰ってしまう。それで納得いかなかったのがどれみ・はづき・あいこ・おんぷの四人だった。彼女たちはもうひと目マジョリカに会うため、マジョリカの忘れ物を届けるという事にして魔女界へと向かう事を決意。そこで女王様の庭園に迷い込み、「ウィッチー・クイーン・ローズ」から100年振りに生まれたという魔女の赤ん坊を発見してしまう。これが新たなる騒動の始まりだった!! 魔女界の掟では、誕生の瞬間に立ち会った者は、それから一年間は母親として世話をしなければならない…。再び魔女見習いに戻されたどれみたちは、再会したマジョリカやララと共に、「ハナ」と名づけたその赤ちゃんを育てる事になる。初めての育児に直面したどれみたちは、自分たちもそうやって育てられたという事を知り、様々な苦難や困難を乗り越えながら、やがて自らも成長していくのだった。
「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！ 「結局好きな先輩に告白できなかった…魔法が使えれば…」落ち込んだどれみが知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、女主人マジョリカの正体を「もしかして…魔女？」と見破ってしまう。 すると、マジョリカは奇魔女ガエルの姿になってしまった！マジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれ、とせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。 ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」を舞台に、３人が一人前の魔女になるための修行の毎日が続く…！
