ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学２年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現！そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる！魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。２人の恋をジャマする星十と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は！？さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる！！
皆既日食によって太陽が姿を隠し、日本中が暗闇に包まれた。ひとときの平穏な日々を送るセーラー戦士たちも、この世紀の天体ショーを心ゆくまで楽しんでいる…。世界に日の光が戻った時、十番街の中心に奇妙な巨大テントが姿を現していた。その正体が何なのか、セーラー戦士たちには知るよしもない。その頃、修行中のちびうさは、夢の中で不思議なペガサスと出会っていた。幼い心を騒がせるちびうさ。ペガサスの出現は、セーラー戦士たちを再び過酷な戦いへと導く運命の前触れなのだろうか？美しい夢を持つ人々を襲い、世界征服を目論む謎のデッドムーンとの関係は？かつてない力を持った最強の敵との戦い。そして徐々に明らかになってゆくシリーズ最大の謎。さらなる進化を遂げたセーラー戦士たちの活躍が始まる！
事件はある夜、突然起こった。善波七五十（ぜんばないと）率いる『輪蛇（りんだ）』のメンバーが謎の一団に次々と襲撃されたのだ。犯行は、いずれもメンバーが一人でいる所を狙った計画的なものだった。その一方『輪蛇』の新入りメンバー・春間の前に、中学時代の友人・天野が現れる。思い出話もそこそこに、春間に『輪蛇』の内情を尋ねる天野。実は天野は『輪蛇』に敵対するグループ『夜行蟲（やこうちゅう）』の一員であった。一連の事件は『夜行蟲』副総長・知地岩（ちじいわ）の仕業だったのだ。徐々にエスカレートしていく『夜行蟲』の襲撃。そして遂に、天野の魔の手が春間の友人・小梅にまで伸びる…！（「新・湘南爆走族 荒くれナイト」第１話より）
