デッドムーンとの壮絶な戦いに勝利した月野うさぎたちセーラー戦士は、受験にも打ち勝ち、全員そろって高校１年生の新たな春を迎えた。新たな夢と希望に胸を膨らませて、新生活を満喫するうさぎたち。しかしある日のこと、封印されていたネヘレニアの耳に復讐をささやきかける声が聞こえてきた。新たなパワーを得てよみがえり、セーラー戦士を苦しめるネヘレニア。新たな地球の危機に、セーラーウラヌスたち外部太陽系セーラー戦士が再びセーラームーンのもとに集う。かくしてセーラー10戦士と復讐鬼と化したネヘレニアのラストバトルが開始された。銀河の彼方から、その戦いを見つめる冷ややかな目があることに気づかぬまま…｡
世界経済を支配する秘密結社「クロノス」の荒事専門部隊“時の番人”（クロノ・ナンバーズ）」ＸＩＩＩ番目のイレイザー、トレイン＝ハートネット。特殊金属オリハルコン製の装飾銃ハーディスを持ち、裏の世界では「ブラックキャット」と呼ばれ恐れられていた。しかしサヤという掃除屋の少女との出会いをきっかけに、｢自由な生き方｣と新たな目的を達成するため、クロノスを抜ける。元国際捜査官のスヴェン、ナノテクによるトランス能力をもつイヴ、女盗賊リンス達と行動を共にするうちに、更に彼の心に変化が訪れる。 一方で、トレインを親友と信じ執拗に追いかける元クロノスのクリード。彼は、「道（タオ）」と呼ばれる特殊戦闘能力を得て、革命集団「星の使徒」を率い世界支配をもくろむ。革命にはトレインの力が必要と更に迫るが、現れられたのは過去に恐れられていた彼ではなかった。その変化に憤るクリードと、大切な人を傷つけられ、怒りに燃えるトレインが激しくぶつかりあう。二人を中心に、「クロノス」、「星の使徒」、「掃除屋」の思惑がぶつかり合い、壮絶なバトルに展開する。仲間、信頼、愛情、を感じた末に、トレインの想う自由の行く手はいかに！？
父親との間に問題を抱えた不良少年・岡崎朋也は、学校まで続く桜咲き乱れる坂道の下で一人の少女と出会う。少女の名前は古河渚。渚は朋也に言う。「どうしてもこの坂道が上れないのだ」と。「だから一緒にこの坂を上ってもらえないか」と。 坂道が上れないのなら、学校に何か楽しみを見つければ上れるようになるはずだと提案する朋也。 その言葉に触発されて、渚は廃部になった演劇部を再建しようと奮闘を始める。 そして、いつしか朋也も渚と行動を共にするようになり、やがて朋也は懸命な渚の姿に惹かれていく…。
