少年・星野鉄郎は母と二人、機会の身体を目指して銀河超特急９９９号の停車駅、メガロポリスに向かう。その途中、二人は機械伯爵による人間狩りに遭い、母は殺されてしまう。しかし、そのとき助けてくれた謎の美女メーテルから、鉄郎は９９９号のパスをもらい受けて、メーテルとともに地球を旅立つのだった…！幾つもの星を越えた９９９号だったが、何者かの列車妨害を受けて化石の星に停車した。その星で鉄郎は美しい少女の化石を見つけて近づくが、突然現れた『化石の戦士』に襲われパスを奪われてしまう！化石の戦士ユリウスは、化石となってしまった少女リージャの夫であった。彼はリージャと９９９号でハネムーンに向かう直前、戦士としての誇りを優先させて、母星に迫る化石化ガス雲の調査に向かったのだった…。
南海に浮かぶ温暖な美しい小国・マリネラの若き国王「パタリロ８世」。ゴキブリ並みの強靭な生命力、猫族の持つ反射神経を武器に世界を股にかけ、時空間を超越して活躍する。豊かな暮らしを約束された地上の楽園、その富を狙うドス黒い陰謀の数々は後を絶たない。噂のゴキブリ走法、根来流手裏剣の術、耳から水を吹出す法など、１８に及ぶ特技と他人をおちょくる趣味、９才にして大学を卒業できた天才的頭脳の持ち主である。彼は、マリネラの少年国王として国を守って行く。“美少年キラー”の別名を持つ英国情報部のバンコラン少佐は彼のボディガード。美しい容姿に隠されたクールな思考と行動力、他の追従を許さぬ射撃術で危機一髪のパタリロを救う。おちょくり、おちょくられ、コケにし、コケにされ、バイタリティあふれたパタリロは、今日も世界の何処かを走り抜けて行く。“クック・ロビン音頭”の手拍子軽く。
地球から２２０万光年離れた大宇宙の彼方。アンドロメダ星雲に属する惑星アストゥリアスの王子・イタカは、隣国の王女・リリアを妃に迎えた。喜びに沸く両国。しかし、二人の幸せは長くは続かなかった。マザーマシンというコンピューターに惑星が浸食され始めたのである。心を支配され、すっかり人が変わってしまったイタカ。国中でマザーマシンの浸食が進む中、リリアはジムサとアフルの双子を出産するものの、この兄弟は別々に暮らさなくてはならなかった。だが、成長した二人は再会し、母リリアを守りながら、同じくマシンに母星を侵略されてしまった女剣士イルたちの助けを借りてマザーマシンに立ち向かうことになる。惑星全域にわたって勢力を増大させるマザーマシンの狙いとは何か。そしてこの親子の運命は…！？
