美墨なぎさはベローネ学院の女子中等部に通う、元気いっぱいな女の子。勉強が苦手で無鉄砲なところもあるけれど、明るくて正義感の強い彼女は、いつも友達に囲まれている人気者だ。ある日のこと、なぎさはメップルという不思議な生き物に出会う。空から落ちてきたメップルは、別世界である故郷・光の園から地球に逃れて来たらしい。邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた光の園は、今や滅亡の危機に瀕しているというのだ。変身する能力を与えられたなぎさは、伝説の戦士・プリキュアとなってドックゾーンと戦い、光の園を救うことになる。その頃、同じベローネ学院に通うもう一人の少女も、ミップルという不思議な生き物からプリキュアの力を与えられていた。彼女の名前は雪城ほのか。なぎさとは性格も考え方も正反対で、友達どころか、ろくに口も聞いたことのないクラスメイトだった…。
激しかった戦いの日々も終わりをつげ、なぎさとほのかはプリキュアとして戦う日々から、元通りの普通の中学生としての毎日に戻っていた。光の園も平和な日々を取り戻し、メップルとミップルとポルンも、今は静かな眠りについている。だが、異変は突然起こった。ジャアクキングの攻撃で傷ついていたクイーンが、「生命」「心」「１２のハーティエル」に分裂してしまったのだ。その頃、中学３年生になったなぎさとほのかの前には、ザケンナーがまたしても姿を現していた。眠りから覚めたメップルとミップルの力で、二人は再びプリキュアに変身！こうして戦いは幕を開け、謎めいた少女・九条ひかりとの出会いが、思いもよらぬ運命へと物語を導いてゆく。
あたし、美墨なぎさ。冬休みに、みんなでスキー場にやってきました！あたりは見わたす限りの白銀の世界。こんなロマンティックなシチュエーションなら、藤Ｐ先輩とも…なんて浮かれていたら、転んで尻もちをついちゃった。あたしってば、スノボーのセンスないのかも…。ほのかはスキーでステキなシュプール描いちゃってるし、アカネ先輩の出張タコカフェは大繁盛だし、ひかりは不思議な卵を見つけるし…って、卵！？しかも中から生まれたのは、とってもかわいい鳥のヒナ。雲の園の老師だっていうおじいさんと、お付きのムタさんによると、「ほうおう」っていう大事な鳥なんだって。ひかりが「ひなた」って名づけたその子、闇の世界のヤツらに狙われていたの！
夢原のぞみは、サンクルミエール学園に通う中学２年生。ドジだけど明るくて心優しい、いつも前向きな女の子です。ある日、図書館で不思議な本・ドリームコレットを見つけたのぞみは、パルミエ王国からやって来たココと出会います。ココは邪悪な組織・ナイトメアに滅ぼされてしまった故郷を元の姿に戻すため、どんな願いも一つだけかなえる力を持つというドリームコレットを探し続けていたのです。ただし、願いをかなえるには55のピンキーを集めなければなりません。しかも、ドリームコレットを狙うナイトメアが、次々と恐ろしい刺客を送り込んできます。ナイトメアに立ち向かうことが出来るのは、ピンキーキャッチュで変身したプリキュアだけ…ちょっとこわいけど、困っているココを放っておくわけにはいきません。仲間を集めて、頑張ることにけって～い！
わたし、夢原のぞみ。プリキュア５のリーダーとしてプリキュアとして、がんばってま～す！わたしの仲間は大親友のりんちゃんとアイドルのうらら、ステキな先輩のこまちさんとかれんさん。タイプの違う５人だけど、いつも心はひとつ。そんなわたしたちが、お姫様になりた～いってことで西洋風のテーマパークに出かけたの。豪華なお城で、フリフリのかわいいドレスを着てお姫様気分を満喫していたら、鏡の国から来たミギリンとヒダリンに、ココとナッツがさらわれちゃった！実はこの二人、シャドウっていう悪者に操られていたの。シャドウは鏡の国の大切な宝物・クリスタルを利用してドリームコレットを奪い、世界を支配しようと企んでいるみたい。早くココとナッツを助けなくちゃ！でも、わたしたちの前には、わたしたちソックリなプリキュアが現れて…これって一体どういうこと？プリキュア、大・大・大ピ～ンチ！
ナイトメアとの戦いも終わり、ココとナッツとミルクは、故郷のパルミエ王国を復活させるために元の世界へと帰っていった。プリキュアの力も手放し、普通の女の子としての日々を送っていたのぞみは、遠く離れたココへ、届くあてのない手紙を書いていた…。そんな彼女の前に、自分なら手紙を届けられるという不思議な男の子が現れる。彼が渡してくれたのは、バラの紋章をあしらった心当たりのない手紙。封を切ると、中からはバラの花びらが飛び出し、フローラと名乗る不思議な女性が姿を現した。彼女はキュアローズガーデンという別世界から、のぞみに助けを求める。のぞみは快く引き受け、男の子に詳しい事情を聞こうとするが、そこに一人の男が現れる。どうやら、手紙が形を変えたローズパクトを狙っているらしい。もう一度、プリキュアに変身する時が来た。美しく華麗なる戦いが、再び幕を開ける！
わたし、桃園ラブ！わたしたち、ダンスコンテストに出場することになったの。もちろん、出場するからには優勝して、幸せゲットだよッ！！って、はりきって、みなとみらいに行ったんだけど、途中で道に迷っちゃった。みんな、ごめんちゃい…。慌てて会場を探していると、この街を飲み込もうとする悪いヤツが現れたの！そしてその敵の前に、わたしたち以外のプリキュアが続々登場！！いったい、プリキュアって何人いるのよ～ッ！っていうか、こうなったら、みんなで力を合わせて強敵を倒すのみッ！みんなもレインボーミラクルライトで、わたしたちを応援してねッ！！
私、花咲つぼみ、中学２年生です。ある朝心地よく眠っていたら、親友のえりかが部屋にやって来て「コフレがいなくなった！」っていうんです！！あれ～！シプレの姿もありません！！机の上に残された招待券を手がかりに、私たちは海の上に浮かぶ遊園地・フェアリーパークへ！そこでシプレ＆コフレを発見。周囲を見回すと、シプレたちみたいな超かわいい妖精＆アトラクションがい～っぱいッ！みんなすっごく楽しそうですッ！！でも突然、怪しげな影が現れてパーク内が大混乱に！どうしよう～ッ！！その時、プリキュアたちが続々登場！！ウソ～ッ！プリキュアってこんなにいるんですか～ッ！？？って、なになに…全部で１７人！？もう、こうなったら全員で力を合わせて、レインボージュエルを守って見せますッ！！プリキュアオールスターズ☆パワー全開ッッッ！！
幼馴染みの北条響と南野奏は元気いっぱいの中学２年生。オープン初日の巨大ショッピングモールへやって来たんだけど、一緒のはずの妖精ハミィがいない…。オシャレなショップが沢山あって大賑わいの中、二人はやっとハミィを発見したものの、勢いあまってイベント広場で開催中の、つぼみたちのファッションショーに乱入しちゃった！？その時、シプレやコフレの仲間のような妖精たちが空からいっぱい降ってきて、更に「おもちゃの国」のプラスティックの建物や「デザート王国」の美味しそうな巨大スイーツが次々に出現！一体全体どうなってるの？かつてプリキュアたちが戦ってきた強敵たちも蘇り、世界を結ぶ奇跡の花・プリズムフラワーを狙って、すべてを暗黒の世界にしようと結託する！もしもプリズムフラワーが枯れてしまったら、世界は離れ離れになり、二度とハミィたちと会えなくなってしまう！！こうなったら、プリキュア２１人全員のパワーをひとつにして、巨大な闇に立ち向かうしかないッ！！！
