あたし、日向咲。今日は親友の舞と一緒に、のど自慢大会に出場する予定なの。でも、寝坊しちゃってマジやばい！何とか出場できて絶好調ナリーッって喜んでいたら、今度は舞と大ゲンカしちゃった。一気に気まずい雰囲気になって、そんな状態でステージに飛び出したから、二人とも歌詞を忘れちゃって大あわて！どうしよう…時間よ止まれ～って心の中で叫んだら、本当にそうなっちゃった！そこへ突然、アワーズとミニッツっていう２人の精霊が現れたの。後について行くと、そこは何と時計の郷。でも、時計の郷はサーロインっていう悪者にメチャクチャにされていた。サーロインは世界を自分だけのものにするために、全ての時間を司る「無限の時計」を止めちゃったんだって。みんなの時間を奪うなんて許せない！私たちプリキュアが、ゼッタイに取り戻してみせる！
日向咲はソフトボール部で活躍する元気印の女の子。新学期になったばかりのある日、咲はお気に入りの場所である大空の樹の下で、見慣れない少女と出会う。彼女は美翔舞、咲と同じ中学二年生だった。咲も舞も互いに過去に会った記憶があるのだが、どうしても思い出すことができない。その時、空から二匹のヘンな生き物が降ってくる。花の精・フラッピと鳥の精・チョッピだ。フラッピとチョッピの出現によって、咲と舞は初めて出逢った時の記憶を取り戻す。幼い頃の夏祭りの夜、二人は流れ星となって空を飛んでいたフラッピとチョッピを追って、同時にこの大空の樹の下に辿り着いたのだった。運命はその時、すでに動き始めていたのかもしれない。突如として空が曇り、謎の戦士・カレハーンが出現する。フラッピとチョッピを追ってきたのだ。痛めつけられるフラッピとチョッピを見た咲と舞は、渡されたプリキュアダイヤを使い、伝説の戦士キュアブルームとキュアイーグレットに変身する。精霊の導きのまま、今、戦いの幕が上がる！
