クリスマス・イブの日、アラスカのアメリカ陸軍基地に勤務する地質学者マイケルは家族と共にフェートン山へ、モミの木探しに出かける。しかし、その最中に突如として群発地震が発生し、地面に大きな亀裂が生じる。調査を進めるうちに、マイケルは溶け出した永久凍土から大量のメタンガスが漏れ出していることを突き止める。このままでは、地底に蓄積されたメタンガスが大噴出し、壊滅的な被害をもたらす可能性があるとして、マイケルはこの未曾有の危機を阻止するために奔走するのだが…。
グレイ･ウォッチ研究所で、強力な電磁波によって物体を不可視化する極秘裏の実験、“フィラデルフィア計画”が行われていた。それは、第ニ次大戦中に米海軍が行った実験の再開だった。だがその影響によって、70年間も消息不明になっていた護衛駆逐艦エルドリッジが、突如現代に出現！博士の見解として、実験装置を起動させた際、巨大エネルギーが発生したことで重力の裂け目、そして時空の裂け目ができ、現代と70年前の磁場がつながり駆逐艦が現代に瞬間移動したとのことだった。駆逐艦はその後、シカゴ中心部やサハラ砂漠、イギリス西海岸などに出現し、世界はパニック状態に。駆逐艦とともにタイムスリップしたガードナー大尉は、孫娘モリーと出会い、壊滅の危機を阻止すべく、暴走する駆逐艦の制御へと務めるのだが…。
アメリカの田舎町である日、ロシア製の人工衛星が墜落した。その瞬間を目撃し残骸を拾いに行ったジェイクとイーサン兄弟は、カネに困っていたこともあり、スクラップ業者のアールに800ドルでその残骸を売りつけた。アールは変わった趣味を持っており、町の100周年祝いで披露するという、クズ鉄を溶接して作り上げた体長5メートルのオブジェ“ゴーレム”を制作していた。しかしほどなくして、アールが目を離した隙にゴーレムが突然動き出し、町の人々を襲い始めてしまう。
クリスマスを目前に控えた田舎町ノーマル。その夜、ミラー家の玄関に届けられた差出人不明のプレゼントの箱を次男のルディが開封。するとそこには、美しい街並みが広がるスノードームが入っていた。よく見ると、自然豊かなノーマルの町並みがミニチュアで再現されたものだった。何気なしにルディは台座のボタンを押したところ、それと同時に猛烈な地震が発生。町のメインストリートでは地割れが起き、死傷者も出てしまう。しかし異変はさらに続き、氷の隕石や巨大雪崩など、次々と町全体に天変地異が襲いかかるのだった。
ある日突然、猛烈な放電と竜巻をまき散らし、接触したあらゆる物体を粉砕・ガス化してしまう巨大な赤い大竜巻が各地で発生。アメリカではニューヨーク、ボストン、ワシントンDCにかけて街が消滅。そんな時、とある田舎町では救助活動に奔走する高校教師ジェイソンが、道中に救出した素粒子物理学者キャロリンから驚くべき事実を知らされていた。それは、この嵐の猛威を止めるためには、ジェイソンの息子ウィルが偶然にも発見した、素粒子分解装置がカギを握るということだった。
アメリカ独立記念日の7月4日。突然、地底、そして空から未知の物体が大群で地球に現れ、人類に攻撃を仕掛けてきた。世界各地が猛火に包まれ人々が大パニックに陥る中、田舎町の消防士で大統領サム・ガーネットの弟でもあるピート・ガーセットは地球外生命体研究組織S.E.T.Iのセリアと遭遇し、ディクソン空軍基地へと赴く。大統領の息子アンドリューと友人ニック、物理の天才高校生イライザも同じく基地を目指し、ピートらと合流する。一方、大統領はエアフォース1が撃墜されたものの奇跡的に生き延び、オタクハッカーのトッドとレニに出会う。しかし、そのことを知らない副大統領は代わって指揮を執り、エイリアンに向けて猛攻を開始するのだが…。
