幼い頃、竜巻の被害で両親を亡くしたエイプリルは以来、竜巻の研究に没頭。気象学者として“竜巻女”と揶揄されながらも活躍していた。しかし仕事を優先しすぎた結果、一人娘ダナとの間にできた深い溝に頭を悩ませていた。そんなある日、現在は保安官となった弟ショーンと数十年ぶりに再会を果たしたエイプリルとダナ。しかしシアトルに到着するや、激しい雷雨と暴風が街を襲い、各地で竜巻が発生。回転する積乱雲“スーパーセル”の巨大化により、甚大な被害の想定に警告を発するべく、エイプリルとショーンは調査に繰り出すのだが、その時、ダナが行方不明になったとの連絡が入る。
