西暦2036年。緊張すると声が出なくなってしまう場面緘黙症を患う伊勢田みゆき（米澤成美）は、人工ブラックホールの研究を行う「人工縮退研究所」の総務部職員として勤めていた。ある日、同研究所の赤城容子教授（鳥居みゆき）が見えない時間の壁「ボブル空間」を作り出し、３時間後に時間犯罪を起こして人類に復讐することを予告する。研究所のほとんどが機能しなくなった中で偶然にも難を逃れた伊勢田は、事件解決のカギを握る同研究所准教授の吉住あおい（吉見茉莉奈）をボブル空間から救出することを決意。次々と発生するボブル空間により崩壊していく世界。果たして人類滅亡を阻止することができるのか。
市長の万巻が主導する複合型巨大観光施設の建設が進むS県暑海（あつみ）市では、温泉客が忽然と姿を消す連続失踪事件が発生していた。しかも被害者はその後、海でサメに襲われた遺体として発見されるのであった。捜査に乗り出した警察署長、束（つか）と海洋生物学博士の巨勢（こせ）は、太古の昔から蘇った獰猛なサメが暑海各地の温泉を自由に行き来し、人々を襲っているという驚愕の事実を突き止めるのだが・・・
