軽度の知的障害を抱える22歳の来栖玲。生まれつき小柄なため、しばしば子どもに間違われ、自分が“障害者”扱いされることに葛藤を抱えていた。大好きな父を亡くした上、母の梨加も精神障害者となり、ネグレクト状態に。一時は梨加と離れ、施設で過ごしていたが、現在は同居中。しかし、施設で出会った最大の理解者の精神科医・柊早苗の急死により、玲は再び心を閉ざしてしまう。柊の後任の若い医師を受け入れられず、通院を拒み続けていたある日、さらにその後任として、新たな医師の恵比寿丈が着任する。やがて、梨加が家賃を払えず、遂に退去を求められた玲は、デリヘルのバイトに応募。良く分からぬまま契約書にサインをして、お金を受取ってしまう。娘から渡された、そのお金を手にして不安を覚える梨加。デリヘルで撮影することになった玲は、そこに所属するカナと共に逃亡。だが、荷物を取りにマンションへ戻ったところ、梨加から“あんたのせいでパパは死んだ”と言われてしまう。決して言ってはいけない言葉を口にした自分への後悔とふがいなさに泣き崩れる梨加。一方、部屋を飛び出した玲を、恵比寿が追うが……。
CG一切なしの神秘的な自然の中で紡がれる伝承と解放の物語大きな川の上流、山間の集落で暮らす少年ユウチャ。父は林業に従事し、母は病に臥せっていて、老いた祖母と暮らしている。まだ自然豊かな土地ではあるが、森林伐採の影響もあるのか、家族は年々深刻化していく台風による洪水の被害に脅かされている。夏休みの終わり、集落に紙芝居屋がやってきて子どもたちを集める。その演目は、土地にずっと伝わる里の娘・お葉と山の民である木地屋の青年・朔の悲恋。叶わぬ想いに打ちひしがれたお葉は山奥の淵に入水、それからというもの彼女の涙が溢れかえるように数十年に一度、恐ろしい洪水が起きるという。紙芝居の物語との不思議なシンクロを体験したユウチャは、現実でも家族を脅かす洪水を防ぎ、さらには哀しみに囚われたままのお葉の魂を解放したいと願い、古くからの言い伝えに従って川をさかのぼり、山奥の淵へ向かう・・・
『旧石尾村って知ってる？』YouTuberの内川智樹(太田将熙）は 都市伝説調査の動画を撮るために、仲間の日名子（村重杏奈）、颯太（桑山隆太）、奈々枝（華村あすか）を連れ出して、神隠しの噂があるという旧石尾村へ向かったが、その後全員が消息不明になる。数日後、村外れのトンネル付近で４人が借りていたレンタカーが警察に発見され、現場に落ちていたビデオカメラには驚愕の映像が残されていた。施錠された家々、武装した制服の子供、監禁された大人、そして新月の夜に発症する奇病「腐り鬼」に侵される大人たち・・・・・・。この村では一体何が起こっているのか！？忌まわしい伝説の扉が開く……。
