仏師として立ち行かず、見世物小屋の生人形制作で糊口をしのぐ亀八。興行で立ち寄った土地 の名士から、不治の病におかされた娘を美しいまま写した人形制作を依頼される。一度も家の外 に出たことのない椿と、興行で土地を転々とする亀八、二人は次第に惹かれ合うが、人形の完成 が近づくにつれ、椿の身体は動かなくなっていく。
生きものが丸切りいなくなって、千年ほど経った星に残された一体のAI。人の心の恐れや痛みを和らげ、 祈るために神の似姿として作られた彼は、渡りの途中に立ち寄ったつばめ(スパイ用に作られた長距離高 速移動型AI)に出会ったことで、初めて自らの心の輪郭を感じ始める。つばめが去った後、身体を失い、 思考回路のある心臓部だけの「小石」のような見た目になっても、彼は過去の記録を反芻し思考し稼働を続けていた。ある日その傍らに、生きている何者かが内包された、生命維持装置カプセル「棺桶」が落ちてくる。
亡くなった祖父が営んでいた駄菓子屋兼住居を取り壊すことになり、遺品整理をしている秋元大吾のもとに、滅多に実家にも帰って来ない弟の秋元蒼馬が帰ってくる。緊急事態宣言期間中に行われた祖父の葬儀 にも蒼馬は参列せず、二人の間には隔たりがあった。蒼馬が幼い頃、店の売り物のカンロを勝手に食べた際、代金が払えない代わりに祖父に渡した「何か」を探している最中、東京にいる蒼馬から電話がかかっ てくる。
何かの気配を感じて目覚めた朝、ひばりは庭で蛇のぬけがらを見つける。ひばりの時間はある日から止まったまま、戻りゆく日常を受け入れられずにいた。夫が玄関先に置いて行った弁当を持って家を出るひばり、やがて雨が降り出す。煙草屋の軒先で雨宿りをしていた太一は、ひばりに借りた黄色い傘を媒介に、白昼夢を見る。