新体操部の一年生、日下部まろんは桃栗学園に通う１６歳の女の子。しかし実は、街を騒がす大泥棒・怪盗ジャンヌだった。ジャンヌダルクの生まれ変わりであるまろんは、神様に遣わされた準天使フィンの力を借りて怪盗ジャンヌに変身し、美しいモノに潜んで人々の心を蝕む悪魔を封印し、回収していたのだ。美しいものを美しいと感じる人の心は神様の命の源。神様の力を削ぎ人々を苦しめる悪魔から世界を守るため、今宵もまろんはジャンヌとなって悪魔の潜むまやかしの美しさを狙う。そんなある日、刑事の娘でまろんの親友、東大寺都が仕掛ける捕縛トラップをかいくぐるジャンヌの前に、怪盗シンドバッドを名乗る少年が現れる…。
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
美墨なぎさはベローネ学院の女子中等部に通う、元気いっぱいな女の子。勉強が苦手で無鉄砲なところもあるけれど、明るくて正義感の強い彼女は、いつも友達に囲まれている人気者だ。ある日のこと、なぎさはメップルという不思議な生き物に出会う。空から落ちてきたメップルは、別世界である故郷・光の園から地球に逃れて来たらしい。邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた光の園は、今や滅亡の危機に瀕しているというのだ。変身する能力を与えられたなぎさは、伝説の戦士・プリキュアとなってドックゾーンと戦い、光の園を救うことになる。その頃、同じベローネ学院に通うもう一人の少女も、ミップルという不思議な生き物からプリキュアの力を与えられていた。彼女の名前は雪城ほのか。なぎさとは性格も考え方も正反対で、友達どころか、ろくに口も聞いたことのないクラスメイトだった…。
激しかった戦いの日々も終わりをつげ、なぎさとほのかはプリキュアとして戦う日々から、元通りの普通の中学生としての毎日に戻っていた。光の園も平和な日々を取り戻し、メップルとミップルとポルンも、今は静かな眠りについている。だが、異変は突然起こった。ジャアクキングの攻撃で傷ついていたクイーンが、「生命」「心」「１２のハーティエル」に分裂してしまったのだ。その頃、中学３年生になったなぎさとほのかの前には、ザケンナーがまたしても姿を現していた。眠りから覚めたメップルとミップルの力で、二人は再びプリキュアに変身！こうして戦いは幕を開け、謎めいた少女・九条ひかりとの出会いが、思いもよらぬ運命へと物語を導いてゆく。
