天使と悪魔が手を取り合った聖魔和合から幾年もの時が過ぎ、悪魔たちは再び天使との戦いを始めた。天使軍は強力なメカを擁する新生悪魔軍に敗れ、指導者スーパーゼウスまでもが捕らわれてしまう。かろうじて逃れた天使たちは、お守りたちの住む天地球に潜んでレジスタンスになった。それから１０年、悪魔軍の侵略の手はついに天地球にまで及んできた。首都・テラサピエンスは破壊され、不気味なバイオ悪魔の手に落ちてしまう。しかし、まだ希望の灯は消えていなかった。伝説の勇者アンドロココの超聖理力（セントフォース）を受け継ぐ少年・フェニックスが生き残っていたのだ。彼は謎の飛行物体メカタートルから、悪魔軍の目的が巨魔界神ザイクロイド・アノドの復活だと聞くと、封印の鍵を握る石版を求めて旅に出るのだった…。
家庭の事情で一人暮らしをする中学生、七梨太助のもとに、父から手紙と共に八角形をした支天輪が送られてきた。伝説によれば、輪の中に光を見出す心の清いものは幸せを授かるのだという。最初は気にとめなかった太助だが、その夜支天輪に異変が！なんと輪の中から光と共に少女が出現、伝説は本当だったのだ。月の精霊・守護月天であるシャオリンは、自分を呼び出した太助を主と認め、星神たちと共にあらゆる危険から太助を守ると約束する。しかし、この世界に不慣れなシャオは失敗続き。しかも太助は、太陽の精霊・慶幸日天ルーアンまで呼び出してしまった。こうして太助は、どちらも太助を主だといって譲らない月と太陽の精霊、そして星神たちと暮らすことになる…。
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
