数十年ぶりに復活した超人ワールドグランプリもベスト４が出揃い、準決勝が始まろうとしていた。悪行超人だったことが判明しながらも、超人ワールドグランプリに残ることを許された「暗黒の主（ロード・オブ・ダークネス）」ことヒカルド。変形能力を持つ「赤き死の飛行機（ママリオート）」イリューヒン。親子二代に渡る超人ワールドグランプリ制覇を目指す「難攻不落の鉄騎兵」ケビンマスク。そして我らがキン肉マンＩＩ世ことキン肉万太郎。まず最初に戦う万太郎とヒカルドを待っていたのは、巨大な処刑台を中央に据えた処刑執行Ｘリングだった。ケビンとイリューヒンに用意されたのは、空中に浮遊するスカイキューブ・リングだ。それぞれの誇りと意地を賭け、今、４人が激突する！
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
