主人公、幸田実果子は「矢澤芸術学院」の通称“ヤザガク”に通う高校一年生。服飾デザイン科に通う実果子の夢は、デザイナーになって、自分のブランドの店を持つことです。同じマンションの隣に住む幼なじみの山口ツトムは、生まれた時からいつも一緒だから、好きには違いないのだけれど、“恋”という感じではありません。ところが最近、ツトムが人気バンドのボーカルと似ていることから、女の子にモテモテになって…。実果子はなんとなく面白くないのです。幼なじみで、ずっと同じテリトリーに生きてきた二人だけど、将来のことなんかを考え始めると、このまま二人だけの狭い世界で生きていっていいものか…などと悩んでしまいます。この物語は夢と恋と友情のはざまで揺れる、青春グラフティです。
ごく普通の家庭に育った少女・牧野つくし。彼女が親の見栄で入学させられたのは、超上流階級の子息の通う英徳学園だった。いかにもセレブな学内の雰囲気に、庶民的なつくしはついていけない。中でも「Ｆ４」と呼ばれる超大金持ち息子４人組の自由気ままな行動には教師ですら逆らえず、赤札ゲームというイジメを横行させる結果となっていた。卒業まで目立たぬよう過ごそうと考えていたつくしだが、友達の遠藤真木子とＦ４とのトラブルに巻き込まれてしまう。真木子が階段で足を滑らせた拍子に、Ｆ４のリーダーである道明寺司の顔を蹴ってしまったのだ。その日から、つくしの激動の日々が始まる。持ち前の根性で、イジメを跳ね返すつくし。そんな彼女に、司は次第に惹かれてゆき…。
美空小学校の１学期も今日で終わり。どれみは通信簿をドキドキしながら開きます。成績が上がっていれば、夕食は大好物のステーキ！ でも…ステーキさん、さようなら…。ガックリしたところを小竹にからかわれて、いつものように大ゲンカ。その小竹たちは、ないしょの冒険旅行を計画しているみたいです。男の子ってバカみたい。自転車に乗って富士山にのぼるなんて、ぜったいムリにきまってるよ。 腹の虫がおさまらないどれみも、計画のことは気になるようで、魔女見習いに変身してこっそりついていくのですが…。一夏の冒険に、甘酸っぱい初恋の想い出。大切な人の涙と絆、愉快な日々と出会いと別れ…。おジャ魔女たちのナイショの物語が始まります。
物語は１００年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ！ 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく！
ついに魔女にしてもらうことを女王様と約束したどれみたちは、魔女界からの報せを毎日首を長くして待っていた。しかし何の連絡もないまま、とうとう新学期を迎えてしまう。始業式の朝、どれみたちが学校に行くと、金色の髪をした可愛い女の子が待っていた。女の子はどれみのことをよく知っているようだが、どれみはその子に見覚えがない。首をかしげていると、女の子はとんでもないことを言った。何と、自分はハナちゃんだというのだ。ハナちゃんはどれみたちと一緒に学校に通うため、自分に魔法をかけて６年生になってしまった。しかも、そのために魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を割ってしまったらしい。美空小学校での最後の一年は、人間界の常識なんて少しも気にしないハナちゃんを加え、大騒ぎのうちに幕を開ける！
ハナちゃんを救うため魔法の水晶玉を失ってしまい、普通の女の子に戻ったどれみたち。自らを犠牲にして子供を守る無償の愛に免じて魔女に戻しては？と提案する女王様だが、元老院の魔女６人に反対されてしまう。水晶玉を持たないどれみたちが魔女になるためには6人の魔女が出す試験にすべて合格しなくてはならない。新しい仲間として‘ももこ’が加わって再び魔女見習いになったどれみたち。さて、難関を乗り越えて立派な魔女になることができるのか……？？
魔女見習いの資格を取り上げられ、普通の女の子に戻っていたどれみたち。そのせいでマジョリカは元の姿に戻ることができなくなり、魔女界に戻ることにした。元の姿に戻れない悲しさ、でも誰も恨めないという優しさ、そしてどれみたちとの別れを惜しむ寂しさ…。そんな複雑な気持ちのマジョリカは、どれみたちに書置きだけを残して、見送られる事なく帰ってしまう。それで納得いかなかったのがどれみ・はづき・あいこ・おんぷの四人だった。彼女たちはもうひと目マジョリカに会うため、マジョリカの忘れ物を届けるという事にして魔女界へと向かう事を決意。そこで女王様の庭園に迷い込み、「ウィッチー・クイーン・ローズ」から100年振りに生まれたという魔女の赤ん坊を発見してしまう。これが新たなる騒動の始まりだった!! 魔女界の掟では、誕生の瞬間に立ち会った者は、それから一年間は母親として世話をしなければならない…。再び魔女見習いに戻されたどれみたちは、再会したマジョリカやララと共に、「ハナ」と名づけたその赤ちゃんを育てる事になる。初めての育児に直面したどれみたちは、自分たちもそうやって育てられたという事を知り、様々な苦難や困難を乗り越えながら、やがて自らも成長していくのだった。
「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！ 「結局好きな先輩に告白できなかった…魔法が使えれば…」落ち込んだどれみが知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、女主人マジョリカの正体を「もしかして…魔女？」と見破ってしまう。 すると、マジョリカは奇魔女ガエルの姿になってしまった！マジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれ、とせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。 ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」を舞台に、３人が一人前の魔女になるための修行の毎日が続く…！
