美空小学校の１学期も今日で終わり。どれみは通信簿をドキドキしながら開きます。成績が上がっていれば、夕食は大好物のステーキ！ でも…ステーキさん、さようなら…。ガックリしたところを小竹にからかわれて、いつものように大ゲンカ。その小竹たちは、ないしょの冒険旅行を計画しているみたいです。男の子ってバカみたい。自転車に乗って富士山にのぼるなんて、ぜったいムリにきまってるよ。 腹の虫がおさまらないどれみも、計画のことは気になるようで、魔女見習いに変身してこっそりついていくのですが…。一夏の冒険に、甘酸っぱい初恋の想い出。大切な人の涙と絆、愉快な日々と出会いと別れ…。おジャ魔女たちのナイショの物語が始まります。
家庭の事情で一人暮らしをする中学生、七梨太助のもとに、父から手紙と共に八角形をした支天輪が送られてきた。伝説によれば、輪の中に光を見出す心の清いものは幸せを授かるのだという。最初は気にとめなかった太助だが、その夜支天輪に異変が！なんと輪の中から光と共に少女が出現、伝説は本当だったのだ。月の精霊・守護月天であるシャオリンは、自分を呼び出した太助を主と認め、星神たちと共にあらゆる危険から太助を守ると約束する。しかし、この世界に不慣れなシャオは失敗続き。しかも太助は、太陽の精霊・慶幸日天ルーアンまで呼び出してしまった。こうして太助は、どちらも太助を主だといって譲らない月と太陽の精霊、そして星神たちと暮らすことになる…。
ついに魔女にしてもらうことを女王様と約束したどれみたちは、魔女界からの報せを毎日首を長くして待っていた。しかし何の連絡もないまま、とうとう新学期を迎えてしまう。始業式の朝、どれみたちが学校に行くと、金色の髪をした可愛い女の子が待っていた。女の子はどれみのことをよく知っているようだが、どれみはその子に見覚えがない。首をかしげていると、女の子はとんでもないことを言った。何と、自分はハナちゃんだというのだ。ハナちゃんはどれみたちと一緒に学校に通うため、自分に魔法をかけて６年生になってしまった。しかも、そのために魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を割ってしまったらしい。美空小学校での最後の一年は、人間界の常識なんて少しも気にしないハナちゃんを加え、大騒ぎのうちに幕を開ける！
ハナちゃんを救うため魔法の水晶玉を失ってしまい、普通の女の子に戻ったどれみたち。自らを犠牲にして子供を守る無償の愛に免じて魔女に戻しては？と提案する女王様だが、元老院の魔女６人に反対されてしまう。水晶玉を持たないどれみたちが魔女になるためには6人の魔女が出す試験にすべて合格しなくてはならない。新しい仲間として‘ももこ’が加わって再び魔女見習いになったどれみたち。さて、難関を乗り越えて立派な魔女になることができるのか……？？
