冥界、ハーデスとの戦いの最中、星矢たちの突破口を切り開くため、自らの命を散らし、嘆きの壁を破壊した１２人の黄金聖闘士達！しかし、消滅したはずのアイオリアと黄金聖闘士たちは光溢れる世界、美しき地上で復活していた！消滅したはずの彼らが一体なぜ蘇ったのか？大きな謎が残る中、戦いに巻きこまれるアイオリア。彼の小宇宙が極限まで高まった時…レオの聖衣に変化が起こる！２０１５年、遂に黄金の小宇宙が蘇る！！
数十年ぶりに復活した超人ワールドグランプリだったが、バロン・マクシミリアン率いる残虐超人たちの乱入で、本戦を前に大会は中断してしまった。バロン一味は万太郎たち新世代超人によって倒されたものの、大会が再開される様子はない。それでもいつか戦いの時が来ると信じて、正義超人たちはトレーニングに励んでいた。そして、ついに超人ワールドグランプリの再開が決定し、本戦であるグランドファイナルの組み合わせが決定した。厳しい予選を勝ち抜いた１２人の超人は、栄冠を目指して闘志を燃え上がらせる。その中にはケビンマスクやジェイドといったよく知られた強豪超人はもちろん、イリューヒン、ヒカルドといった未知の実力を秘めた超人たちも多くいた。万太郎は強敵たちを倒し、親子二代にわたる超人ワールドグランプリ優勝の栄誉を手にすることができるのか！？
キン肉マンたち正義超人の活躍で平和な日々を取り戻した地球に、ふたたび悪行超人たちが攻めてきた。かつて活躍した伝説超人たちが、これを阻止すべく立ち向かうが、若く鍛え上げられた新世代の悪行超人たちに惨敗を喫してしまう。そこで伝説超人たちは、新世代の正義超人を育てるため、正義超人育成施設・ヘラクレス・ファクトリーを再開することを決める。かくして、各地から呼び寄せられる若き正義超人たち。その中には、往年の英雄であるキン肉マンの息子・キン肉万太郎もいた。父親と同じくドジでオッチョコチョイでありながら、熱き友情と正義の魂を持つ万太郎は、地獄の特訓を耐え抜いてヘラクレス・ファクトリーを無事に卒業、地球防衛の任務に就く。ふたたび始まった悪行超人との激闘をくぐり抜け、万太郎はキン肉マンＩＩ世として成長してゆく！
海皇ポセイドンとの戦いも終わり、世界はひと時の平穏を取り戻していた。だが、大地を狙う邪悪の影は、すぐそこにまで忍び寄っていた。聖域(サンクチュアリ)にある聖闘士たちの墓が荒らされ、白羊宮を守護する黄金聖闘士(ゴールドセイント)・牡羊座アリエスのムウの前に、謎の侵入者が現れたのだ。そのうえ、かつての戦いで死んだはずの黄金聖闘士が、黒き鎧をまとった敵となって姿を見せる。すべては死者の世界である冥界をつかさどる、冥王ハーデスの仕業だった！冥王に忠誠を誓った黄金聖闘士たちは、冥衣(サープリス)を身に着けて冥闘士(スペクター)となり、アテナを狙って十二宮を駆ける。星矢たちは彼らを食い止めるため、ポセイドンとの激戦の傷が癒えぬまま、小宇宙(コスモ)を燃やして立ち上がるが…。
物語は１００年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ！ 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく！
