日本プロレス界のスーパースター・アントニオ猪木の前に、突如謎の覆面レスラーが出現した。彼の名は宇宙仮面ＳＦ、石油王アーマー・ハッサンの送り込んだ凶暴な刺客だった。宇宙プロレス同盟の盟主であるハッサンは、全世界のプロレスを支配下に収めるという野望に燃え、第一の攻略目標に日本のリングを選択したのだ。リングに乱入し、アントニオ猪木に戦いを迫る宇宙仮面ＳＦ。その時、虎のマスクを着けた男が現れた。彼こそ伊達直人の遺志を継ぐタイガーマスク二世。孤高の虎が復活し、全てを賭けて闘う時が再び来たのだ！
この世に邪悪がはびこるとき、必ずや現れるという希望の闘士・聖闘士（セイント）。彼らは神話の時代から大地を守ってきた女神アテナに仕え、武器を嫌うアテナのために、拳をもって多くの邪悪と戦い続けてきた。アテナは彼らに、天空に輝く８８の星座をかたどった聖衣（クロス）と呼ばれる防具を与えた…。時は過ぎ、聖闘士が現代によみがえった。聖闘士になるため、ギリシアの聖域（サンクチュアリ）で修行していたペガサスの聖闘士・星矢は、聖衣を手に入れて日本に帰国する。彼を待っていたのは、グラード財団が企画した銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）と呼ばれる聖闘士同士の戦いだった。戦いに疑問を抱きながらも、姉を捜し出すため、星矢は共に育った仲間である紫龍や氷河や瞬と戦うことになる。そこへ一輝率いる暗黒聖闘士が乱入してきた。大地を狙う邪悪との戦いが始まったのだ！
教育省の一室において８ｍｍ映画が上映されていた。内容は一見したところ、どこかの戦場であるかのごとく凄まじいアクションものである。しかしなんとこれが現在日本のとある学校で行われている授業風景だというのだ！その学校こそ、巷に聞こえた男塾。塾長の江田島平八のもと、日本全国からはみ出し者やならず者を集め、真の漢（おとこ）に育て上げる男による男のための男の学校だ。世間一般では物騒極まりないことであっても、男塾では当たり前。筋肉がうなり、血と汗と涙が飛び散り、よくわからない拳法の奥義が乱れ飛ぶ！たゆまず男を磨く野郎どもにとっては、日々息をすることですら闘いに他ならないのだ。彼らは無事に卒業することは出来るのか？そして、男塾因縁の敵・関東豪学連との死闘の結末はいかに！？
家庭の事情で一人暮らしをする中学生、七梨太助のもとに、父から手紙と共に八角形をした支天輪が送られてきた。伝説によれば、輪の中に光を見出す心の清いものは幸せを授かるのだという。最初は気にとめなかった太助だが、その夜支天輪に異変が！なんと輪の中から光と共に少女が出現、伝説は本当だったのだ。月の精霊・守護月天であるシャオリンは、自分を呼び出した太助を主と認め、星神たちと共にあらゆる危険から太助を守ると約束する。しかし、この世界に不慣れなシャオは失敗続き。しかも太助は、太陽の精霊・慶幸日天ルーアンまで呼び出してしまった。こうして太助は、どちらも太助を主だといって譲らない月と太陽の精霊、そして星神たちと暮らすことになる…。
海皇ポセイドンとの戦いも終わり、世界はひと時の平穏を取り戻していた。だが、大地を狙う邪悪の影は、すぐそこにまで忍び寄っていた。聖域(サンクチュアリ)にある聖闘士たちの墓が荒らされ、白羊宮を守護する黄金聖闘士(ゴールドセイント)・牡羊座アリエスのムウの前に、謎の侵入者が現れたのだ。そのうえ、かつての戦いで死んだはずの黄金聖闘士が、黒き鎧をまとった敵となって姿を見せる。すべては死者の世界である冥界をつかさどる、冥王ハーデスの仕業だった！冥王に忠誠を誓った黄金聖闘士たちは、冥衣(サープリス)を身に着けて冥闘士(スペクター)となり、アテナを狙って十二宮を駆ける。星矢たちは彼らを食い止めるため、ポセイドンとの激戦の傷が癒えぬまま、小宇宙(コスモ)を燃やして立ち上がるが…。
小宇宙は、神を超えるのか！！――冥王ハーデスとの死闘により力を失い、抜け殻となった星矢。アテナの姉にしてオリンポス十二神・月の女神アルテミスは、神に抗った星矢を葬り去ろうと、３人の天闘士を送り込む。彼らの前に沙織が立ちはだかり、アテナとしての地位を捨て、アルテミスに地上世界を受け渡すことを条件に星矢の命を救うのだった。そうして地上世界を支配したアルテミスは、汚れた人類を滅ぼそうと決意する。一方、女神の力を失った沙織は自らの血を流して人類を守ろうとする・・・。その時、決して動くはずのない星矢の指が動いた！
世界経済を支配する秘密結社「クロノス」の荒事専門部隊“時の番人”（クロノ・ナンバーズ）」ＸＩＩＩ番目のイレイザー、トレイン＝ハートネット。特殊金属オリハルコン製の装飾銃ハーディスを持ち、裏の世界では「ブラックキャット」と呼ばれ恐れられていた。しかしサヤという掃除屋の少女との出会いをきっかけに、｢自由な生き方｣と新たな目的を達成するため、クロノスを抜ける。元国際捜査官のスヴェン、ナノテクによるトランス能力をもつイヴ、女盗賊リンス達と行動を共にするうちに、更に彼の心に変化が訪れる。 一方で、トレインを親友と信じ執拗に追いかける元クロノスのクリード。彼は、「道（タオ）」と呼ばれる特殊戦闘能力を得て、革命集団「星の使徒」を率い世界支配をもくろむ。革命にはトレインの力が必要と更に迫るが、現れられたのは過去に恐れられていた彼ではなかった。その変化に憤るクリードと、大切な人を傷つけられ、怒りに燃えるトレインが激しくぶつかりあう。二人を中心に、「クロノス」、「星の使徒」、「掃除屋」の思惑がぶつかり合い、壮絶なバトルに展開する。仲間、信頼、愛情、を感じた末に、トレインの想う自由の行く手はいかに！？
人間世界で生きていくのも、楽じゃねぇな。－－－時は昭和３０年代―。終戦から１０年が経ち高度経済成長が急加速で進む中、富む者は富んだが、社会の底辺では泥まみれになりながらも日々を生き抜いている人々が溢れていた。そんな社会に幽霊族最後の生き残りとして墓の中から生まれてきた鬼太郎。地獄とは？この世とは？生きる幸福を考察し尽くした水木しげるの哲学に立ち戻り、元祖・鬼太郎が人間を笑い飛ばし、生きる喜びを謳いあげていく。
