新体操部の一年生、日下部まろんは桃栗学園に通う１６歳の女の子。しかし実は、街を騒がす大泥棒・怪盗ジャンヌだった。ジャンヌダルクの生まれ変わりであるまろんは、神様に遣わされた準天使フィンの力を借りて怪盗ジャンヌに変身し、美しいモノに潜んで人々の心を蝕む悪魔を封印し、回収していたのだ。美しいものを美しいと感じる人の心は神様の命の源。神様の力を削ぎ人々を苦しめる悪魔から世界を守るため、今宵もまろんはジャンヌとなって悪魔の潜むまやかしの美しさを狙う。そんなある日、刑事の娘でまろんの親友、東大寺都が仕掛ける捕縛トラップをかいくぐるジャンヌの前に、怪盗シンドバッドを名乗る少年が現れる…。
美墨なぎさはベローネ学院の女子中等部に通う、元気いっぱいな女の子。勉強が苦手で無鉄砲なところもあるけれど、明るくて正義感の強い彼女は、いつも友達に囲まれている人気者だ。ある日のこと、なぎさはメップルという不思議な生き物に出会う。空から落ちてきたメップルは、別世界である故郷・光の園から地球に逃れて来たらしい。邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた光の園は、今や滅亡の危機に瀕しているというのだ。変身する能力を与えられたなぎさは、伝説の戦士・プリキュアとなってドックゾーンと戦い、光の園を救うことになる。その頃、同じベローネ学院に通うもう一人の少女も、ミップルという不思議な生き物からプリキュアの力を与えられていた。彼女の名前は雪城ほのか。なぎさとは性格も考え方も正反対で、友達どころか、ろくに口も聞いたことのないクラスメイトだった…。
激しかった戦いの日々も終わりをつげ、なぎさとほのかはプリキュアとして戦う日々から、元通りの普通の中学生としての毎日に戻っていた。光の園も平和な日々を取り戻し、メップルとミップルとポルンも、今は静かな眠りについている。だが、異変は突然起こった。ジャアクキングの攻撃で傷ついていたクイーンが、「生命」「心」「１２のハーティエル」に分裂してしまったのだ。その頃、中学３年生になったなぎさとほのかの前には、ザケンナーがまたしても姿を現していた。眠りから覚めたメップルとミップルの力で、二人は再びプリキュアに変身！こうして戦いは幕を開け、謎めいた少女・九条ひかりとの出会いが、思いもよらぬ運命へと物語を導いてゆく。
うららかな日曜日、アカネさんのたこやき屋で至福の時を過ごしていたら、謎の男が現れた。男は、あたしたちの目の前で七人の妖精に分裂、こわいっつーのッ！しかも妖精たちは「希望の園を助けてほしい」と言い出した。希望の園の象徴であるダイヤモンドを、ドツクゾーンが狙っているらしいの。そういうことなら、いざ希望の園へ出発！ダイヤモンドが輝くステキな宮殿へ。そこにはダイヤモンドよりもキレイな女王様がいたの。しかも憧れの藤Ｐ先輩にソックリな王子様が現れたり、舞踏会が開かれたり…気分はまさにお姫様。メップル・ミップル・ポルンまでセレブ気分を満喫していると、突然ドツクゾーンの魔女が現れた。こんなステキな園を狙うなんて絶対に許せないッ！みんなの力をひとつに合わせ、希望の園を守るのよ！
あたし、美墨なぎさ。冬休みに、みんなでスキー場にやってきました！あたりは見わたす限りの白銀の世界。こんなロマンティックなシチュエーションなら、藤Ｐ先輩とも…なんて浮かれていたら、転んで尻もちをついちゃった。あたしってば、スノボーのセンスないのかも…。ほのかはスキーでステキなシュプール描いちゃってるし、アカネ先輩の出張タコカフェは大繁盛だし、ひかりは不思議な卵を見つけるし…って、卵！？しかも中から生まれたのは、とってもかわいい鳥のヒナ。雲の園の老師だっていうおじいさんと、お付きのムタさんによると、「ほうおう」っていう大事な鳥なんだって。ひかりが「ひなた」って名づけたその子、闇の世界のヤツらに狙われていたの！
アヌの夏―。五年に一度だけ訪れるこの時期は、天上のアヌ神の加護により、塔内の魔物は皆ひとしくその力を失ってしまう。ギルガメス王により建国されたウルク国は、北方に「塔」の復活を確認すると、出現した魔物の征討を理由に「塔」内部への侵攻を開始。以来このアヌの夏の到来を見計らい、上層階への進撃を目標に塔内に拠点を作り続けてきた。嘗て、ドルアーガの塔を彩った勇者ギルと巫女カイの物語が伝説として伝承された八十年後の世界……。ついに三度目のアヌの夏が訪れようとしている。塔内第一階層に最初に建設された拠点「塔内都市メスキア」は、塔と共に復活を遂げたと目されるドルアーガ討伐の為、三度目の出征に備えるウルク国軍と、塔最上階に眠るという伝説の秘宝「ブルークリスタルロッド」の噂を聞きつけた冒険者たちで賑わっていた…。
人は何を求め、何のために｢塔｣へと登るのか―。８０年の時を越え、ウルク国に再び現れたドルアーガの塔。仲間と共に最上階を制した登頂者ジルを待っていたのは、信じていたカーヤの手ひどい裏切りだった。謎の目的を胸に秘めるニーバと共に｢幻の塔｣へと消えていくカーヤ。ジルは失意とともに、最下層へと流されていく。カーヤは何を求めていたのか。自分は何を望んでいるのか。生きる気力を失い、答えのない問いを抱えたまま時を過ごすジル。だが、彼の目の前に謎の少女カイが現れ、運命は再び動き始める。｢私を塔のてっぺんまで連れて行って｣失われたはずの願いを胸に、ジルは再び登頂者となって果てなき塔の冒険に挑む。
