幼馴染みの北条響と南野奏は元気いっぱいの中学２年生。オープン初日の巨大ショッピングモールへやって来たんだけど、一緒のはずの妖精ハミィがいない…。オシャレなショップが沢山あって大賑わいの中、二人はやっとハミィを発見したものの、勢いあまってイベント広場で開催中の、つぼみたちのファッションショーに乱入しちゃった！？その時、シプレやコフレの仲間のような妖精たちが空からいっぱい降ってきて、更に「おもちゃの国」のプラスティックの建物や「デザート王国」の美味しそうな巨大スイーツが次々に出現！一体全体どうなってるの？かつてプリキュアたちが戦ってきた強敵たちも蘇り、世界を結ぶ奇跡の花・プリズムフラワーを狙って、すべてを暗黒の世界にしようと結託する！もしもプリズムフラワーが枯れてしまったら、世界は離れ離れになり、二度とハミィたちと会えなくなってしまう！！こうなったら、プリキュア２１人全員のパワーをひとつにして、巨大な闇に立ち向かうしかないッ！！！
父親との間に問題を抱えた不良少年・岡崎朋也は、学校まで続く桜咲き乱れる坂道の下で一人の少女と出会う。少女の名前は古河渚。渚は朋也に言う。「どうしてもこの坂道が上れないのだ」と。「だから一緒にこの坂を上ってもらえないか」と。 坂道が上れないのなら、学校に何か楽しみを見つければ上れるようになるはずだと提案する朋也。 その言葉に触発されて、渚は廃部になった演劇部を再建しようと奮闘を始める。 そして、いつしか朋也も渚と行動を共にするようになり、やがて朋也は懸命な渚の姿に惹かれていく…。
こんにちは！私、花咲つぼみです。じつは…、えりか、いつき、ゆりさんと一緒に、花の都パリにやってきました。なんと私たち、モデルとしてファッションショーに出るんです！どうしましょう！何だか緊張してしまいます！…でもその前に、お花がいっぱいあるというオシャレなパリの街をチェック！！ところが、街にはおまわりさんがいっぱい！？フランスでは近ごろ、満月の夜に狼男が出るというウワサがあるらしいんです。そんな中、狼男ならぬ傷だらけの少年・オリヴィエが突然、空から舞い降りてきたんです。しかも、デザトリアンまで出現！！え～ッ、パリって花じゃなくて事件がいっぱいなんですか～？う～、どうしましょう～…。でも、わたし、負けません！オリヴィエを絶対に守ります！お願いです、私たちプリキュアに、みなさんのこころの花のパワーをかしてください！
天才ゆえに孤独な中学生・高嶺清麿。彼のもとに突然、不思議な子供が飛び込んできた。名前はガッシュ、魔界から送られてきたという。ガッシュは世界中に送り込まれた百人の魔物の子の一人。パートナーと共に戦い合って、最後に残った一人が魔界の王様になれるというのだ。王位を目指すガッシュは、清麿が手にした魔本の言葉を受け、襲いかかるライバルたちと激しいバトルを繰り広げてゆく。喜び、哀しみ、そしてかけがえのない絆…闘いの中で、やさしい王様になることを決意するガッシュ。心を閉ざしていた清麿も、ガッシュのピュアな気持ちに触れ、様々な経験を積みながら精神的成長を遂げてゆく。
花咲つぼみは花や植物が大好きな中学２年生の女の子。ある日、つぼみは不思議な夢を見た。大きな木に咲く美しい花。だが、たちまち全ての花が落ちてしまう。そしてそこから妖精が飛び立っていく……。それから数日後。明堂学園へ転校したつぼみの前に、なんと夢で見た妖精が現れた！妖精はつぼみに、伝説の戦士プリキュアになって、“こころの大樹”を守って！みんなの“こころの花”を咲かせて！と頼む。自分にそんなことはムリと断るつぼみ。だが、突然謎の敵が襲ってきて、新しいクラスメート・来海えりかの“こころの花”を奪ってしまう。えりかの心を救うには、プリキュアになって戦うしかない！つぼみは勇気を出してプリキュアに変身する！
新体操部の一年生、日下部まろんは桃栗学園に通う１６歳の女の子。しかし実は、街を騒がす大泥棒・怪盗ジャンヌだった。ジャンヌダルクの生まれ変わりであるまろんは、神様に遣わされた準天使フィンの力を借りて怪盗ジャンヌに変身し、美しいモノに潜んで人々の心を蝕む悪魔を封印し、回収していたのだ。美しいものを美しいと感じる人の心は神様の命の源。神様の力を削ぎ人々を苦しめる悪魔から世界を守るため、今宵もまろんはジャンヌとなって悪魔の潜むまやかしの美しさを狙う。そんなある日、刑事の娘でまろんの親友、東大寺都が仕掛ける捕縛トラップをかいくぐるジャンヌの前に、怪盗シンドバッドを名乗る少年が現れる…。
ある日、工藤タイキは不思議なメロディを聞く。そして、今にも力尽きそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声…。「俺には、放っとけない！」タイキの心と声の主・シャウトモンの心が結ばれた時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた！ 消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは異世界へと引きずり込まれてしまう。
記憶のデータ化ができるようになり、肉体の死がもはや死とは呼べなくなった世界。記憶はデータバンクに保存され、新しい身体への「乗り換え」や、記憶の売買といったことが可能になり、違法に記憶を改ざん、記憶を盗むことも行われていた。社会は混沌とし、力を失い停滞化していた。あるとき、壊れた部屋の中で目覚めた男がいた。彼の名はカイバ。自分の記憶がない。ペンダントの中には知らない女の写真が…。空には怪しく動く電解雲、街では記憶狩りが横行している。突如襲われ、宇宙へ逃げ出すことになったカイバは、星をめぐる中、様々な人と出会い、記憶を取り戻してゆく。かつて苦悩し続けた、この世界の矛盾や腐敗と自分の存在を。そしてペンダントの中の女・ネイロのことを…。「どれが僕？君はダレ？どれが君？僕はダレ？」ふたりが再び出会ったとき、いったい何が起こるのか？
元映画女優・美波絹子の妹・加菜子が何者かにさらわれた。その背景には、八王子で起こった連続バラバラ殺人事件と、「御筥様」を祀る宗教の奇妙な噂、箱型の建物とのつながりがあり…。憑き物落としの京極堂、小説家の関口、刑事の木場、探偵の榎木津らが事件を追う！
いつものように何も起きない、ごくありふれた夏だと思っていた…。夏休み最後の夜、浅羽直之はふとした出来心から学校のプールに忍び込んだ。彼はそこで、手首に銀色の球体を埋め込んだ不思議な少女と出会う。「伊里野加奈」…それが二人の出逢いだった。新学期になると、伊里野は浅羽のクラスに転校してきた。他人とのコミュニケーションを苦手にしているらしい伊里野だったが、浅羽には不思議と心を開いた。二人は学校生活を通じて、次第に親密になってゆく。しかし伊里野には得体の知れない一面があった。頻繁に校内放送で呼び出されては姿を消し、様々な出来事に対して、時に自らを傷付けるような奇妙な反応を見せるのだ。そして、どこからともなく現れては伊里野の窮地を救う謎の男・榎本の存在…。伊里野の秘密は、ここ園原の軍事基地や、新聞部が解明を目指すＵＦＯ騒動と何らかの関係があるのだろうか？やがて特殊戦闘機「ブラックマンタ」の存在を通じて、彼女の背負う過酷な運命が明らかになってゆく…。今、短い夏の永遠の物語が始まる。
