“アッコちゃん”こと加賀美あつ子は、パパが豪華客船の船長をしているので、普段はママと二人暮し。アッコは、大切にしていた手鏡が割れてしまい、お墓をつくってあげます。その晩、輝きながら天へと登っていく鏡。そしてアッコは鏡の精から、鏡を大切にしてくれたお礼にとコンパクトをもらうのです。それは「テクヤクマヤコン」の呪文を唱えると、望むものなんにでも変身できる魔法のコンパクト！おてんばで、泣き虫だけど友達思いのアッコが、気が強くてあわてん坊のモコや、モコの弟で姉思いの熱血漢のカン吉、ガキ大将で意地悪もするけど人情家の大将、大将の弟の少将に、チカ子、ガンモたち仲間と加賀美家の飼い猫シッポナや赤塚家に居候中のネコのドラや動物たちと、魔法のコンパクトを使っていろいろな事件を解決していきます。
毎晩、少年古見浩一の夢の中に出てくるバビルの塔。家族が半信半疑で見守る中、夢の通り、使者が現れ、少年はバビルの搭へと連れて行かれる。そして浩一が塔で告げられた真実は驚くべきものだった。バビルの塔とは、古代に、宇宙船の故障によって地球に降り立った異星人・バビル１世が残した超科学的な遺産であり、異星人の血を引く浩一が受け継ぐにふさわしいと判断された、というのだ。浩一は、その日以来、バビル２世として、バビルの塔の新たな主となることを決意する。バビルの塔と共に残された３つの僕（しもべ）、怪鳥・ロプロス、海に潜むロボット・ポセイドン、変身能力をもつロデムを従え、さらに自分の中に眠っていた超能力を目覚めさせる。そして、バビル１世の能力を受け継ぎ、世界征服を企む男・ヨミに戦いを挑んでいく。
小松天皇の皇子である千菊丸は、母と別れて安国寺の小僧、一休として修行の道に入った。毎朝日の出前に叩き起こされ、冷たい水での拭き掃除に泣きべそをかき、暖かいお母さんの懐が恋しくても、夕焼けの空に「母上様」と呼んでみる以外にどうすることも出来なかった。そんなある日一休さんは、和尚さんのお供で京の町へ出かけると、町の中へ入る橋のたもとで乞食の少年が役人に京の町の中にいる母親に会いに行きたいと必死に頼んでいた。橋の札には「このはしをわたるべからず」と書いてある。戦乱に家を焼かれ乞食になってしまった者を京の町へ入ることを禁止した札であった。そこで一休さんは、役人が目をそらせた隙にその子と橋を堂々と渡る。「はしを渡ってはいけないというから、はしっこではなく真中を渡ってきました」と。幾度も頭を下げながら人ごみに消えるその子を見送りながら「あの子のお母さんってどんな人かな」野次馬の賞賛の声も聞こえず、一休さんの胸の内は母恋しさでいっぱいであった。
少年・星野鉄郎は母と二人、機会の身体を目指して銀河超特急９９９号の停車駅、メガロポリスに向かう。その途中、二人は機械伯爵による人間狩りに遭い、母は殺されてしまう。しかし、そのとき助けてくれた謎の美女メーテルから、鉄郎は９９９号のパスをもらい受けて、メーテルとともに地球を旅立つのだった…！幾つもの星を越えた９９９号だったが、何者かの列車妨害を受けて化石の星に停車した。その星で鉄郎は美しい少女の化石を見つけて近づくが、突然現れた『化石の戦士』に襲われパスを奪われてしまう！化石の戦士ユリウスは、化石となってしまった少女リージャの夫であった。彼はリージャと９９９号でハネムーンに向かう直前、戦士としての誇りを優先させて、母星に迫る化石化ガス雲の調査に向かったのだった…。
星野鉄郎少年は謎の美女・メーテルと共に銀河超特急９９９号に乗り、遥かなるアンドロメダを目指して旅を続けている。ある時、宇宙空間を浮遊する不定形生命体が９９９号の進路に立ちふさがる。９９９号は方向転換もかなわずに衝突、その柔らかな体内へ徐々に沈みこんでゆく。このままでは完全に取り込まれてしまうのも時間の問題だ。鉄道管理局と警備局は強力な衝撃波による不定形生命体の除去を決めるが、鉄郎は驚くべきことに気付く。巨大な生命体は、たくさんの子を思いやる慈愛に満ちた母親でもあったのだ。幼くして母をなくした経験を持つ鉄郎は、不定形生命体の子供たちと自らの境遇を重ね合わせ、「お母さんを殺すな！」と管理局と警備局に向かって叫ぶ。だが、今さら決定が覆るわけもない。己の無力に打ちひしがれた鉄郎が泣き崩れた時、もう一つの宇宙船が激突！機械の体を持つアルテミスという美女が、ハッチから瀕死の状態で這い出してくる。彼女は２年前に自由を求めて母と決別し、姿を消した不定形生命体の娘だった…
