貴方は覚えていますか？思春期のときめきを・・・――タラークの戦艦イカヅチを襲ったマグノ率いるメジェールの海賊船は、暴走したペークシスによってイカヅチの旧艦区と合体・融合させられ、戦艦ニルヴァーナになってしまった。地球の侵攻を知ったヒビキやディータ達は、その危機を知らせるべく、敵対しているハズの男女の呉越同船とも言える母星への帰還の旅が始まる・・・。
決して逃げない、ぜったい諦めない。自分達の未来だから・・・――故郷であるタラークとメジェールに刈り取りの危機が迫っていることを知ったニル・ヴァーナの乗員達。彼らは危機を救うため、故郷への旅を急ぐ。途中、回収した脱出ポッドの中には奔放な少女「ミスティ」がコールドスリープしていた。彼女の乗っていたポッドに隠されていたメッセージにより、明らかになる驚くべき地球の現状と刈り取りの事実。そしてニル・ヴァーナの心臓部である青いペークシスとは全く別の、「負の感情」にリンクしている赤いペークシスが地球にあることを知る。戦闘を重ねるごとに攻撃力を上げていく敵の前に、本当の戦いはこれからだったことに気づくヒビキたち。ますます熾烈を極める敵の猛攻に、ヴァンドレッドはいよいよ最終形態へ！？はたして彼らは故郷を救えるのだろうか・・・・・・そして地球人の本当の目的は・・・？
人は何を求め、何のために｢塔｣へと登るのか―。８０年の時を越え、ウルク国に再び現れたドルアーガの塔。仲間と共に最上階を制した登頂者ジルを待っていたのは、信じていたカーヤの手ひどい裏切りだった。謎の目的を胸に秘めるニーバと共に｢幻の塔｣へと消えていくカーヤ。ジルは失意とともに、最下層へと流されていく。カーヤは何を求めていたのか。自分は何を望んでいるのか。生きる気力を失い、答えのない問いを抱えたまま時を過ごすジル。だが、彼の目の前に謎の少女カイが現れ、運命は再び動き始める。｢私を塔のてっぺんまで連れて行って｣失われたはずの願いを胸に、ジルは再び登頂者となって果てなき塔の冒険に挑む。
