いつものように何も起きない、ごくありふれた夏だと思っていた…。夏休み最後の夜、浅羽直之はふとした出来心から学校のプールに忍び込んだ。彼はそこで、手首に銀色の球体を埋め込んだ不思議な少女と出会う。「伊里野加奈」…それが二人の出逢いだった。新学期になると、伊里野は浅羽のクラスに転校してきた。他人とのコミュニケーションを苦手にしているらしい伊里野だったが、浅羽には不思議と心を開いた。二人は学校生活を通じて、次第に親密になってゆく。しかし伊里野には得体の知れない一面があった。頻繁に校内放送で呼び出されては姿を消し、様々な出来事に対して、時に自らを傷付けるような奇妙な反応を見せるのだ。そして、どこからともなく現れては伊里野の窮地を救う謎の男・榎本の存在…。伊里野の秘密は、ここ園原の軍事基地や、新聞部が解明を目指すＵＦＯ騒動と何らかの関係があるのだろうか？やがて特殊戦闘機「ブラックマンタ」の存在を通じて、彼女の背負う過酷な運命が明らかになってゆく…。今、短い夏の永遠の物語が始まる。
