地球はナノハザードにより廃墟と化した。その後の西暦２４００年、大半の人類は知能だけの電脳世界に生きていた。電脳世界に住む捜査官アンジェラは、戦闘力を誇るスーツ・アーハンを身につけ地上に初めて降り立った。そして地上調査員ディンゴと共に地上のサバイバルな世界に旅立った。
京都であって、京都ではない、鏡都へ、黒い兔を捜し求め、時空の狭間から落ちてきた少女・コト。彼女の前には、液晶の追っ手や妖怪たちが立ちふさがるが、巨大化するアラタマでなぎ払い、式神の阿・吽とともに都を毎日のようお祭り騒ぎにしてしまう。都を統べる三人議会のひとり、明恵の元に居候するコトたちは、騒ぎの後には決まって明恵に叱りつけられるが、そんな毎日を存分に楽しんでいた。一方、両親との再会を願い続ける三人議会の残りのふたり、巨大ロボ・ビシャマルをはじめとする科学の力を駆使する鞍馬と、妖怪たちの女王として君臨する八瀬は、鏡都のまちで“みやこ様”として祀られ、彼らの母親でもある古都さまを、コトの身を依り代とすることで呼び戻そうと計画していた…。
新しいプリキュアのめぐみとひめを探して、マナたちのもとへ妖精学校のグレルとエンエンがやってきたの。ところが、子供たちが眠り続ける謎の事件が発生。しかもその中にめぐみが！？ ひめとマナたちは早速夢の中に入っていったんだけど…楽しそうに遊ぶめぐみや子供たちの前に、グレルたちの友達・妖精ユメタとお母さんが現れて、めぐみたちは夢から追い出されちゃった！！夢の世界はいったいどうなってるの？？夢の世界に閉じ込められた子供たちを連れ戻すため、プリキュアが再び大集合！
三門市。人口２８万人。ある日この町に異世界への門が開いた。「近界民(ネイバー)」後にそう呼ばれる異次元からの侵略者が門付近の地域を蹂躙、街は恐怖に包まれた。近界民に地球上の兵器は効果が薄く、都市の壊滅は時間の問題と思われた。しかし、その時突如現れた謎の一団が近界民を撃退。近界民の技術を独自に研究し、「こちら側」の世界を守るため戦う組織、界境防衛器官「ボーダー」。彼らはわずかな期間で巨大な基地を作り上げ、近界民に対する防衛体制を整えた。それから４年。門は依然として開いているにも拘わらず、三門市を出て行く人間は驚くほど少ない。高校生の三雲修もまた、ボーダーに所属していた。ある日、修のクラスに転校生がやってきた。空閑遊真と名乗った少年は、何故かボーダーの人間にのみ携帯を許される「トリガー」と呼ばれる武器を持っていた。修に問いただされた遊真は言う。『俺は門の向こうの世界から来た。お前らが言うとこの「近界民」ってやつだ』遊真と修、二人の物語が動き始める。
わたし、相田マナ。おばあちゃんとママが着たウエディングドレスをもらったの。わたしがこのドレスを着るのはいつ？なんてキュンキュンしてたら、謎の男・マシューが現われて、過去の世界に飛ばされちゃったの。そこでは、大好きだったおばあちゃんや昔飼っていた犬のマロにも会えてうれしかったけど、六花とありすがいない！？もしかして、思い出が変わっちゃった！？？このままだと、未来もメチャクチャになっちゃう！大切な思い出も、夢と希望に輝く未来も、私たちが絶対に守ってみせる！！
相田マナは、大貝第一中学校の２年生。先生たちからも信頼される、しっかり者の生徒会長です。社会科見学で訪れたクローバータワーでもケンカを仲裁したり落し物を届けたりバスに酔った友達の看護をしたりと大忙し。やっと展望台へ行く列に並んだその時「ジコチュー！」と叫ぶ巨大な怪物が現れて大混乱！！景色を独り占めしようと暴れる怪物の前に思わず飛び出したマナは、トランプ王国からやってきた妖精シャルルと不思議なアクセサリーの力でキュアハートに変身します！日本中に届け！キュンキュン！！
天才ゆえに孤独な中学生・高嶺清麿。彼のもとに突然、不思議な子供が飛び込んできた。名前はガッシュ、魔界から送られてきたという。ガッシュは世界中に送り込まれた百人の魔物の子の一人。パートナーと共に戦い合って、最後に残った一人が魔界の王様になれるというのだ。王位を目指すガッシュは、清麿が手にした魔本の言葉を受け、襲いかかるライバルたちと激しいバトルを繰り広げてゆく。喜び、哀しみ、そしてかけがえのない絆…闘いの中で、やさしい王様になることを決意するガッシュ。心を閉ざしていた清麿も、ガッシュのピュアな気持ちに触れ、様々な経験を積みながら精神的成長を遂げてゆく。
わたし、夢原のぞみ。プリキュア５のリーダーとしてプリキュアとして、がんばってま～す！わたしの仲間は大親友のりんちゃんとアイドルのうらら、ステキな先輩のこまちさんとかれんさん。タイプの違う５人だけど、いつも心はひとつ。そんなわたしたちが、お姫様になりた～いってことで西洋風のテーマパークに出かけたの。豪華なお城で、フリフリのかわいいドレスを着てお姫様気分を満喫していたら、鏡の国から来たミギリンとヒダリンに、ココとナッツがさらわれちゃった！実はこの二人、シャドウっていう悪者に操られていたの。シャドウは鏡の国の大切な宝物・クリスタルを利用してドリームコレットを奪い、世界を支配しようと企んでいるみたい。早くココとナッツを助けなくちゃ！でも、わたしたちの前には、わたしたちソックリなプリキュアが現れて…これって一体どういうこと？プリキュア、大・大・大ピ～ンチ！
高校生の竜司は、海外の両親と離れ静かに一人暮らしをしていた。だが、ハトコの英理子が帰国し、彼の日常は一変する！闇ブローカー『ファング』との接触。ナゾの美少女ローズとの出会い。しかもローズは、伝説のレッド・ドラゴンだと判明する！ローズや遺物（ロスト・プレシャス）を狙って、次々と現れる存在は・・・・・！？竜司とローズの、恋と戦いが始まる！！
宮永咲（みやながさき）は高校一年生。奇跡的な麻雀を打ってのける（毎局プラスマイナスゼロで和了（あが）ることができる）美少女。原村和（はらむらのどか）の天才的な打ち方に感化され麻雀部に入部することを決意する。二人の天才美少女が全国大会の頂点を目指す。
幾重にも交わる時間、繋がっている全ての世界。それら全てに変わらぬ姿で存在する不死の女。女は、日常と非日常、狂気と快楽と猟奇の狭間で生きる。時代の異なる場所、東京・新宿をメインの舞台として、次々起こる常軌を逸した事件---連続殺人、要人暗殺、生物兵器テロ、非合法研究、日常と非日常、狂気とエロスとハードなアクションを交えて、人間、不死者、天使と神の業を描き出す。
