地球はナノハザードにより廃墟と化した。その後の西暦２４００年、大半の人類は知能だけの電脳世界に生きていた。電脳世界に住む捜査官アンジェラは、戦闘力を誇るスーツ・アーハンを身につけ地上に初めて降り立った。そして地上調査員ディンゴと共に地上のサバイバルな世界に旅立った。
ジュニアボクシング世界大会が、いよいよ開幕！各国の強豪ひしめく顔ぶれの中には、ドイツ代表のヘルガなど見知った顔もある。竜児と剣崎率いる日本チームは、１、２回戦を順調に勝利。３回戦の対戦相手は、かつて死闘を繰りひろげた、シャフト率いるアメリカ代表チームだ！ところが、そのアメリカチームのメンバーが、謎の事故で重体に陥ってしまう。不戦勝で勝ち上がってきたのは、シシリアン・ダンディーの異名を持つドン・ジュリアーノ率いるイタリアチーム。彼らは日本チームに対し、卑劣な罠を仕掛けていた…。果たしてメインポールに揚がる旗はどの国か！？世界最強の称号をかけた、男達の死闘が始まる！
海と空が眩しい小さな町に、神尾観鈴という少女が暮らしていた。病気がちな彼女は学校にも行けず、友達は一人もいない。ただ夏の風に長い髪をなびかせながら、遥か昔より町に伝わる物語に想いをはせる毎日を送っていた。千年前、ひとりの姫君がこの地にいた。彼女は白い羽根と不思議な力を持つゆえに忌み嫌われ、屋敷に閉じ込められていた。生まれてから一度も外の世界を見たことがなく、遠く離れた地にいるという母に会いに行くこともかなわない。そんな彼女を警護する青年は、喜ばせてあげようと外の世界の出来事を語って聞かせる。いつしか恋に落ちてゆく二人。しかし羽根を持つ“翼人”には、決して恋をしてはならないという呪いがかけられていた…。ある日、観鈴の前に国崎往人という旅の青年が現れる。彼は亡くなった母から不思議な遺言を託されていた。「空にいる少女を救って」と。羽ばたこうとした姫君と、羽ばたく翼をなくした少女。運命の夏が始まり、恋と宿命が千年の時を越えて交錯してゆく。
世界経済を支配する秘密結社「クロノス」の荒事専門部隊“時の番人”（クロノ・ナンバーズ）」ＸＩＩＩ番目のイレイザー、トレイン＝ハートネット。特殊金属オリハルコン製の装飾銃ハーディスを持ち、裏の世界では「ブラックキャット」と呼ばれ恐れられていた。しかしサヤという掃除屋の少女との出会いをきっかけに、｢自由な生き方｣と新たな目的を達成するため、クロノスを抜ける。元国際捜査官のスヴェン、ナノテクによるトランス能力をもつイヴ、女盗賊リンス達と行動を共にするうちに、更に彼の心に変化が訪れる。 一方で、トレインを親友と信じ執拗に追いかける元クロノスのクリード。彼は、「道（タオ）」と呼ばれる特殊戦闘能力を得て、革命集団「星の使徒」を率い世界支配をもくろむ。革命にはトレインの力が必要と更に迫るが、現れられたのは過去に恐れられていた彼ではなかった。その変化に憤るクリードと、大切な人を傷つけられ、怒りに燃えるトレインが激しくぶつかりあう。二人を中心に、「クロノス」、「星の使徒」、「掃除屋」の思惑がぶつかり合い、壮絶なバトルに展開する。仲間、信頼、愛情、を感じた末に、トレインの想う自由の行く手はいかに！？
