とある本丸に夏がやってきた。新たな刀剣男士も増え、さらににぎやかな日々を送っていた彼らに、審神者から伝令が言い渡される。それはなんと“３日間の休暇”だった！審神者の粋なはからいに喜ぶ刀剣男士たちは、お返しに休暇を過ごすみんなの姿を集めたアルバムを作ることに。一方、大和守安定は修行で不在の加州清光のためにもアルバムを作ろうと考え、できるだけ多くの仲間たちの姿を写真に収めるため、みんなの休暇を見て回ることにした。花見酒ならぬ樹木見酒を満喫したり、木々を使っていろんなものを創作したりと、山ならではの楽しみを満喫する刀剣男士たち。そんな様子を、写真に収めていた大和守安定は、髭切から一緒に鬼退治をやらないかと誘われる。はじめての夏休み、忘れられない光景が心に刻まれてゆく―
episode1「サンダーバード登場」太平洋のどこかにある美しい島、トレーシー島。そこは国際救助組織と名乗る秘密組織の本部がある。島の豪邸に住むジェフ・トレーシーに招かれたロンドンの新人エージェント、ペネロープと執事のパーカーは、パーカーの運転するロールスロイスFAB-1で島中を見て周る。そこで目にしたのは未来のマシン「サンダーバード」1号から4号だった！／episode2「雪男の恐怖」ウラン工場が立て続けに襲われる事件が発生。同時期にエベレストでは「恐怖の雪男」の目撃情報が相次ぎ、目撃者が行方不明になっていた。ジェフから依頼を受けたペネロープはパーカーとともにスキーコプターでエベレスト山脈を探検するが、ガイドに化けていた宿敵フッドが仕組んだ罠に嵌ってしまう。パーカーはウラン鉱山で強制労働させていた行方不明者たちと洞穴に囚われてしまう。ペネロープからの要請でサンダーバード1号で飛び立つスコットたちは、彼らを救助できるのだろうか？／episode3「大豪邸、襲撃」ロンドン近郊で大豪邸ばかりを狙い、貴重な品々を盗み出しては邸宅を爆破する連続強盗事件が発生。ペネロープは自分が狙われていると感じ、わざと家を留守にしてペネロープの住むクレイトン＝ワード邸に侵入させる。ペネロープとパーカーはロンドン塔で犯人を追い詰めるが、爆発寸前の時限爆弾のある場所に閉じ込められていた！
ある日、父の形見の鉱石ラジオから聴こえてきた不思議な唄。その唄を忘れられない少女アスナは、地下世界アガルタから来たという少年シュンに出会う。2人は心を通わせるも、少年は突然姿を消してしまう。「もう一度あの人に会いたい」そう願うアスナの前にシュンと瓜二つの少年シンと、妻との再会を切望しアガルタを探す教師モリサキが現れる。そこに開かれるアガルタへの扉。3人はそれぞれの想いを胸に、伝説の地へ旅に出る―。
