高校に初登校する朝、母親・紅乃木麗華のあまりの過干渉・過保護ぶりに大喧嘩する紅乃木杏奈（１６）。家を飛び出して公園で泣いている時に迎えにきた執事・稲垣丈一郎ともめているところを襲われていると勘違いされ、駆け付けた白鳥果林と朝倉美羽と仲良くなる。
日本政府が極秘で組織した秘密警察「特捜密殺員」を率いるチーフ・神岡将士は、戦力拡大のためにフリーの殺し屋・伸山賢兵に目をつけた。神岡からの勧誘を頑なに拒む伸山であったが、そんな中、謎の女暗殺者の襲撃を受ける。その危機を救った志水舞瑠は「夜叉組」の仕業と推測するが…。
ICPO（国際刑事警察機構）から日本侵攻を企む国際犯罪組織の首領（ドン）『闇龍帝』を追って来日した若き捜査官・王龍輝は、戦後の動乱期より代々闇社会を司る謎の黒幕（フィクサー）『龍帝』から絶大な信頼を受ける“歌舞伎町の顔役”舘川竜士と知り合うが…。
