物語の主人公は、任侠ヤクザだった父を亡くし、トビ職人として育った石神新三。ある日、新三が住む長屋の地主・藤川正明が、株に失敗し多額の負債を抱える。その裏では関西系暴力団・阿久津組が動いていた。やがて、その魔の手が町にも襲いかかり、人々を守るため新三が立ち向かう。
戦国時代、日本にはいくつもの水軍が存在していた。中でも最強と言われた村上水軍は、あの織田信長を撃退し、豊臣秀吉にも組することなく“自由と海”を愛していた。そんな海のサムライたちを束ねたのが、瀬戸内の海賊大将軍・村上武吉だった――。そして現代、その武吉の血を引き、島に住む少女・村上楓。12歳の誕生日に、楓は1本の横笛を自宅の蔵から発見する。それはまさに村上家に代々伝わる村上水軍の埋蔵金を示すものだった。同じ頃、島と本土を結ぶ島民にとっては生命線であったフェリーが老朽化を機に路線廃止の危機へ。楓はフェリーを、島を救おうと、潮流の激しい瀬戸の海へ、仲間と立ち向かう!海賊の血を引く少女が、時空を超えて、伝説の財宝探しが、今、はじまる!
人畜無害・温厚な鶴丸杉夫は、冷酷非道・極道を絵にかいたようなもう1人の自分、松夫に引きづられて、暴力団事務所に出入りすることに。しかしそれぞれの人格が現れている時の記憶は共有することが出来ない。気の弱い杉夫は、ニ重人格という病気を知りながらも組においてくれる渡会のために、シノギをこなしていこうと努力する。ある日、杉夫の所属する丹義会が美人演歌歌手・高いずみのショーを仕切ることになった。敵対する岩動組が妨害を仕掛けてくる中、いずみの身辺警護にあたった杉夫は、やがていずみと恋に落ちる。だが、いづみを抱くのはいつも松夫――。果たして、いづみは杉夫と松夫、どちらの自分を愛してくれているのだろうか……。
